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3+TCGA生信分析思路一看就会!

生信基础 管理员 142℃ 0评论

题目:Anaplastic thyroid cancer: genome-based search for new targeted therapy options

杂志:Endocr Connect

日期:2022 年 3 月 1 日

Doi:  10.1530/EC-21-0624. Online ahead of print

 

目的: 甲状腺未分化癌(ATC)是最致命的人类癌症之一,治疗选择很少。我们的目标是确定 FDA 已经批准用于一般实体癌的靶向药物,这些药物可能对 ATC 有效。

方法: 通过 MyCancerGenome 和国家癌症研究所的筛选数据库确定 FDA 批准的靶向治疗药物。通过查询 Drugbank 将药物与靶基因联系起来。随后,MyCancerGenome、CIViC、TARGET 和 OncoKB 被挖掘用于预测会导致药物敏感性或耐药性的基因改变。我们在癌症基因组图谱数据库 (TCGA) 中搜索了 ATC 患者,并探索了他们的测序数据,以了解预测药物反应的基因改变。

结果: 确定了 155 种 FDA 批准的药物,其中 136 个潜在可靶向基因。在 TCGA 中发现的 33 名患者中有 17 名(52%)在可靶向基因中至少有一个遗传改变。点突变 BRAF V600E 见于 45% 的患者。PIK3CA 发生在 18% 的病例中。分别在 3% 的病例中检测到 ALK 和 SRC 的扩增。15% 的患者表现出 BRAF 和 PIK3CA 的共同突变。除了 BRAF 抑制剂,PIK3CA 抑制剂 copanlisib 显示出基因预测的反应。剩余的 146 种 (94%) 药物显示没有或低(低于 4% 的病例)基因预测药物反应。

结论: 虽然携带 BRAF 突变的 ATC 可以从 BRAF 抑制剂中受益,并且这种效果可能会通过包括 PIK3CA 抑制剂在内的组合策略在一些患者中得到增强,但 BRAF 野生型 ATC 的改变并不是目前 FDA 批准的选项的直接目标。

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