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3+TCGA生信分析:口腔鳞状细胞癌的新预后标志物

生信基础 管理员 246℃ 0评论

题目:IGF2BP2 maybe a novel prognostic biomarker in oral squamous cell carcinoma

杂志:Biosci Rep

日期:2022 年 2 月 25 日

Doi: 10.1042/BSR20212119

3+TCGA生信分析:口腔鳞状细胞癌的新预后标志物插图

 

目的: 本研究的主要目的是研究胰岛素样生长因子 2 mRNA 结合蛋白 2 (IGF2BP2) 在口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 中的作用,并为 OSCC 提供新的生物标志物或潜在的治疗靶点。

方法: 我们结合了从 Gene Expression Omnibus (GEO)、The Cancer Genome Atlas (TCGA) 下载的数据集和从诊所收集的样本,以评估 IGF2BP2 在 OSCC 中的表达。基于TCGA、GEO和临床样本分别进行IGF2BP2生存分析。然后分析 IGF2BP2 表达与临床病理参数之间的相关性,并使用基因集富集分析 (GSEA 4.1.0) 鉴定与 IGF2BP2 表达相关的信号通路。此外,构建了IGF2BP2共表达基因网络,随后对IGF2BP2共表达基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,使用TIMER和CIBERSORT分析IGF2BP2、IGF2BP2共表达基因、

结果: IGF2BP2在OSCC中高表达,与OSCC患者的总生存期显着相关(P<0.01)。高 IGF2BP2 表达与较差的总体存活率相关。GSEA 结果显示,在 IGF2BP2 高表达的样本中,细胞凋亡、肿瘤和免疫相关通路显着富集。此外,IGF2BP2共表达基因的GO和KEGG富集分析结果表明,这些基因主要与免疫/炎症和肿瘤发生有关。此外,IGF2BP2 及其共表达基因与 TIC 相关(P<0.01)。

结论: IGF2BP2 可能是 OSCC 的潜在预后生物标志物,并与免疫浸润相关。

目前,大多数生物信息学研究只关注单个数据库中的一个基因,而多数据库联合基因预测的模型分析相对较少。此外,由于单个数据集的样本量有限,差异基因分析的结果可能会出现偏差,导致没有生物学效应。与其他单数据集分析相比,本研究结合 oncomine 数据库、GEO的多个数据集和 TCGA 数据库进行基因预测模型分析,以识别 OSCC 中可能的生物标志物,为我们的研究奠定了更加可靠和准确的基础。研究。同时,我们将这些数据与我们医院的患者数据结合起来,验证生物标志物的存在。

尽管如此,我们的研究仍然存在一些局限性:(1)我们的研究是在数据库数据分析的基础上结合我们自己的临床样本进行验证的,但相对较小的临床样本量仍然是本研究的局限性。(2) 生物信息学分析只是基于公共数据库的预测工具。其操作过程繁琐,涉及多种软件分析参数的设置和调整。需要一定的技术门槛来保证预测结果的准确性。(3)种族、吸烟史、饮酒史、HPV史等具体特征对预后的影响未详细分析。因此,这些也将是我们下一步研究的重点。

综上所述,本研究证实了IGF2BP2在 OSCC 中的高表达, IGF2BP2高表达组患者的生存和预后较差,并且IGF2BP2的高表达与 T 分期和临床阶段。此外,研究发现IGF2BP2及其共表达基因(HMGA2、PHLDB2和YEATS2)均与 OSCC 肿瘤样本中的多种 TIC 相关。因此,本研究揭示了IGF2BP2在肿瘤免疫学中的潜在作用及其预后价值。很明显,IGF2BP2有可能成为 OSCC 的预后生物标志物和治疗靶点。然而,应进行进一步的研究以阐明IGF2BP2及其共表达基因与 TIC 相互作用的具体机制。

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