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6+TCGA生信分析:Adamts12的泛癌综合分析及其在胰腺癌中的潜在意义

生信基础 管理员 249℃ 0评论

题目:An Integrated Pan-Cancer Analysis of ADAMTS12 and Its Potential Implications in Pancreatic Adenocarcinoma

杂志:Front Oncol

日期:2022 年 2 月 23 日

Doi: 10.3389/fonc.2022.849717. eCollection 2022

 

介绍:胰腺腺癌 (PAAD) 是胰腺最常见的原发性恶性肿瘤,其 5 年生存率低于 10%。作为一项重大的公共卫生挑战,探索潜在的机制并确定 PAAD 的关键生物标志物是当务之急。这将有助于其诊断、预后和治疗。

大量证据表明,肿瘤微环境 (TME) 在 PAAD 的进展中起着重要作用,它削弱了 PAAD 患者对治疗的反应。TME 中的免疫细胞和基质细胞,例如肿瘤相关巨噬细胞 (TAM) 和癌症相关成纤维细胞 (CAF),通常被肿瘤细胞重塑以促进肿瘤进展 。例如,叶赫等人。据报道,TAM 通过激活 CCL18/NF-kB/VCAM-1 通路促进胰腺导管腺癌的 Warburg 效应 。因此,鉴定 TME 相关的生物标志物基因对于阐明肿瘤发生和发展的潜在机制至关重要。

具有 1 型血小板反应蛋白基序 12 (ADAMTS12) 的去整合素和金属肽酶是 ADAMTS 蛋白家族的成员,参与许多肿瘤的进展 。已发现 ADAMTS12 在结肠直肠癌中的升高表达通过激活 Wnt/β-连环蛋白途径促进肿瘤进展。而 ADAMTS12 也被报道会影响胰腺炎的炎症反应,并且在肺腺癌中也可作为肿瘤抑制基因。然而,它在泛癌中的作用,尤其是在 PAAD 中的作用仍不清楚。

在这项研究中,使用来自 TCGA 数据库的数据全面分析了 ADAMTS12 在泛癌中的作用,其中包括表达、临床特征、预后意义、拷贝数改变 (CNA)、DNA 甲基化水平和基因组突变的数据。还评估了 ADAMTS12 表达与肿瘤免疫微环境 (TIME) 之间的关联。我们的研究结果表明,高 ADAMTS12 表达预测 PAAD 中的免疫抑制 TME,导致患者的存活率降低。我们的研究表明靶向 ADAMTS12 是一种潜在的抗癌治疗方法。

背景: 具有血小板反应蛋白 1 型基序 12 (ADAMTS12) 的去整合素和金属肽酶是 ADAMTS 多结构域胞外蛋白酶家族的成员,参与了许多肿瘤的进展。然而,尚未对该基因进行泛癌分析。它在胰腺腺癌 (PAAD) 中的作用也仍不清楚。

方法: 使用癌症基因组图谱 (TCGA) 和基因型组织表达数据 (GTEx) 数据库分析 ADAMTS12 在泛癌中的表达。我们评估了 ADAMTS12 的表达、临床特征、预后意义、拷贝数改变、甲基化和突变及其与肿瘤免疫微环境的相关性。还进行了 qRT-PCR 和免疫组织化学测定以验证 ADAMTS12 在 PAAD 中的表达。

结果: 通过生物信息学分析和初步实验验证,发现 ADAMTS12 在 PAAD 中显着过表达。ADAMTS12 的高表达水平与 PAAD 患者较差的生存率以及肿瘤相关巨噬细胞、癌症相关成纤维细胞、免疫检查点蛋白和免疫抑制基因的高浸润水平相关。

结论: 我们的研究结果表明 ADAMTS12 是 PAAD 潜在的预后生物标志物。ADAMTS12 表达升高也可能表明免疫抑制微环境。

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