生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

4+TCGA生信分析:基于 wgcna 的胰腺癌生存相关 hub 基因的鉴定

生信基础 管理员 184℃ 0评论

题目:Identification of Survival-Associated Hub Genes in Pancreatic Adenocarcinoma Based on WGCNA

杂志:Front Genet

日期:2022 年 1 月 3 日

Doi: 10.3389/fgene.2021.814798. eCollection 2021

 

胰腺癌是全球癌症相关死亡的主要原因之一。由于胰腺癌早期临床症状很少,大多数患者在诊断时发现有转移灶。缺乏有效的诊断生物标志物和治疗靶点使得胰腺癌难以筛查和治愈。根本问题是我们对致癌过程中的调控机制知之甚少。在这里,我们采用加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 来构建基因相互作用网络,使用来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的胰腺癌的表达谱。STRING 用于构建和可视化生物网络。网络中一共检测到22个模块,其中黄色和粉色模块显示与胰腺癌最显着的关联。鉴定了包括PKMYT1、WDHD1、ASF1B和RAD18在内的数十个新基因。进一步的生存分析对胰腺癌的诊断和治疗产生了有价值的影响。我们的研究开创了基于网络的算法在肿瘤病因学中的应用,并发现了几种有希望的胰腺癌检测和治疗调节因子。

RAD18 是一种 E3 泛素连接酶,以其在增殖细胞核抗原 (PCNA) 单泛素化中的关键作用而闻名,以响应停滞的复制叉,从而启动 DNA 损伤修复信号。越来越多的报道表明,RAD18 增强了癌细胞的运动性和侵袭性,RAD18 与细胞侵袭和增殖的重要介质如 MMP-1 和 MMP-9 之间的正相关证明了这一点。同时,最近的一项研究发现,RAD18 升高与胃癌进展和预后不良有关,认为它是一种新的预后生物标志物。因此,与 RAD18 高表达组相比,RAD18 低表达患者的总生存时间和无病生存时间均显着延长。强调其在胰腺癌治疗和预后方面的潜在价值。

基因相关方法为遗传相互作用网络提供了初步步骤,并提供了关于未知基因功能的线索。在这里,我们使用 WGCNA 来鉴定包括 PKMYT1、WDHD1、ASF1B 和 RAD18 在内的新型枢纽基因,并首次提出它们在胰腺癌进展过程中的致癌作用。进一步的生存分析证实了它们在预测预后中的有效作用。需要深入的机制来解释它们允许肿瘤细胞突破致瘤屏障的能力。同时,我们不应忽视WGCNA的局限性,因为它基于转录组数据,不足以反映全球细胞状态,其中包括突变在内的多层数据,为了更好地理解引发癌症的机制,还需要考虑拷贝数变异和蛋白质组数据。此外,还应强调更强的计算能力和更合理的统计方法,以改进基因相关性分析。

转载请注明:智汇基因 » 4+TCGA生信分析:基于 wgcna 的胰腺癌生存相关 hub 基因的鉴定

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址