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2+TCGA生信分析:神经胶质瘤预后的新型基于 microRNA 的特征

生信基础 管理员 161℃ 0评论

题目:Construction of a novel microRNA-based signature for predicting the prognosis of glioma

杂志:Int J Neurosci

日期:2022 年 3 月 30 日

Doi:  10.1080/00207454.2021.1993848. Online ahead of print

 

背景与目的:胶质瘤是一种常见的原发性脑肿瘤。MicroRNAs (miRNA) 已被证明可能在肿瘤发展中发挥关键作用。基于miRNA和临床因素,构建了预测胶质瘤预后的模型。方法:胶质瘤的miRNA表达谱来自癌症基因组图谱(TCGA,训练组)和中国胶质瘤基因组图谱(CGGA,验证组)。Cox 和 Lasso 的回归分析被应用于识别 TCGA 数据库中与胶质瘤预后相关的 miRNA。将 miRNA 与临床因素相结合,构建个体化的预后预测模型,其性能在 CGGA 数据库中得到验证。通过体外实验研究了 miRNA 在胶质瘤发展中的作用。

结果:我们确定了与胶质瘤预后相关的五个关键 miRNA,并构建了一个预测模型。预测 TCGA 和 CGGA 组胶质瘤患者 3 年生存率的 ROC 曲线下面积分别为 0.844 和 0.770。使用 miRNA 风险评分和临床因素构建的列线图显示,TCGA 组(C 指数为 0.820)和 CGGA 组(C 指数为 0.722)的预测准确度很高。根据体外实验,miR-196b-5p通过调节靶基因改变了胶质瘤细胞的迁移、增殖、侵袭和凋亡。

结论:为胶质瘤构建了基于 miRNA 的个体化预后预测模型,miR-196b-5p 被确定为胶质瘤发展的潜在生物标志物。

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