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5.89分TCGA生信分析: 基于坏死相关基因预测前列腺癌预后的新模型

生信基础 管理员 138℃ 0评论

题目:A Novel Model Based on Necroptosis-Related Genes for Predicting Prognosis of Patients With Prostate Adenocarcinoma

杂志:Front Bioeng Biotechnol

日期:2022 年 1 月 11 日

Doi: 10.3389/fbioe.2021.814813. eCollection 2021

5.89分TCGA生信分析: 基于坏死相关基因预测前列腺癌预后的新模型插图

 

背景:坏死性凋亡是一种新发现的细胞死亡形式。在这里,我们应用生物信息学工具使用癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库中的数据集来识别坏死性凋亡相关基因,然后构建前列腺癌患者预后模型。方法:前列腺腺癌 (PRAD) 患者的 RNA 序列 (RNA-seq) 数据和临床信息从 TCGA 门户网站 (http://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/) 获得。我们进行了全面的生物信息学分析,以确定中心基因作为 PRAD u 中潜在的预后生物标志物,然后建立和验证预后模型。接下来,我们使用受试者工作特征 (ROC) 曲线和 ROC 的曲线下面积 (AUC) 评估了模型的整体预测性能。结果:共利用5个坏死性凋亡相关基因ALOX15、BCL2、IFNA1、PYGL和TLR3构建生存预后模型。该模型在 TCGA 队列和验证组中表现出色,在筛查高危前列腺癌患者方面具有良好的预测准确性。结论:我们成功鉴定了坏死性凋亡相关基因并构建了一个能够准确预测 PRAD 患者 1-3 年和 5 年总生存率 (OS) 的预后模型。我们的风险评分模型为预测 PRAD 患者的预后提供了新的策略。

本研究结果表明,鉴定出的 DEGs 主要富集于免疫相关通路。因此,我们进行了免疫细胞浸润分析,以评估风险评分与免疫系统反应背景下患者总体生存率之间的关系。我们的研究结果表明,与高风险患者相比,低风险患者招募了更多的免疫细胞并触发了更高的免疫通路激活。值得注意的是,前一组表现出明显的 NK 细胞富集。以往的研究表明,NK细胞具有很强的杀细胞活性,不需要MHC活化即可杀死肿瘤细胞。此外,已发现肿瘤诱导产生 II 型 NKT 细胞,进而分泌 IL-13,从而不仅导致 MDSC 在肿瘤微环境中聚集,而且激活 STAT6 信号通路并抑制 CD8 + T 细胞功能。因此,NK细胞在肿瘤免疫治疗中的应用受到了全世界的广泛关注。目前一些基于 NK 细胞的肿瘤治疗临床方法包括细胞因子介导的 NK 细胞活化、自体或同种异体 NK 细胞转移、CAR 基因修饰的 NK 细胞和记忆细胞。除了血液肿瘤,修饰的 NK 和记忆样 NK 细胞在治疗肝癌、非小细胞肺癌、结直肠癌、卵巢癌和乳腺癌方面显示出巨大潜力。我们的药物敏感性分析结果揭示了几种可能调节坏死性凋亡相关基因的潜在药物。值得注意的是,这些坏死性凋亡相关基因的表达与硫利达嗪、曲古抑菌素 A、LY-294002、西罗莫司、tanespimycin 和 monorden 呈负相关,表明这些可能是作为治疗药物的潜在新选择。

总之,我们确定了 PRAD 和正常邻近组织之间差异表达的坏死性凋亡相关基因,并用它们建立了预测 PRAD 患者预后的模型。此外,我们揭示了风险评分和免疫活动之间的相关性。然而,需要进一步的研究来阐明肿瘤免疫学中坏死性凋亡的机制。

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