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6+TCGA生信分析:肾透明细胞癌缺氧相关基因模型的建立及预后评估

生信基础 管理员 135℃ 0评论

题目:Identification of a Hypoxia-Related Gene Model for Predicting the Prognosis and Formulating the Treatment Strategies in Kidney Renal Clear Cell Carcinoma

杂志:Front Oncol

日期:2022 年 1 月 24 日

Doi: 10.3389/fonc.2021.806264. eCollection 2021

 

目的: 本研究旨在利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库和国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库中的数据建立缺氧相关基因模型来预测肾透明细胞癌(KIRC)患者的预后。

方法: 患者数据从 TCGA 和 ICGC 数据库下载,缺氧相关基因从分子特征数据库中获取。对差异表达基因进行评价,然后筛选差异表达缺氧基因。TCGA 队列被随机分为发现 TCGA 队列和验证 TCGA 队列。发现TCGA队列用于通过Lasso回归、单变量和多变量Cox回归分析构建缺氧基因风险模型。接受者操作特征(ROC)曲线用于评估我们模型的可靠性和敏感性。然后,我们建立了一个列线图来预测可能的一年、三年和五年的总生存率。最后,计算患者的肿瘤免疫功能障碍和排除(TIDE)评分。

结果: 我们在 TCGA 数据库中建立了 6 个 KIRC 患者缺氧相关基因预后模型,并在 ICGC 数据库中进行了验证。在三个 TCGA 队列和 ICGC 队列中,高风险评分的患者比低风险评分的患者预后更差。ROC 曲线显示我们的六基因模型在这四个队列中具有强大的预测能力。此外,我们在 TCGA 数据库中为 KIRC 患者构建了列线图。最后,高风险组的 TIDE 评分高于风险评分低的患者。

结论: 我们建立了6个缺氧相关基因风险模型,用于独立预测KIRC患者的预后,并构建了稳健的列线图。不同的风险评分可能是免疫治疗策略的生物标志物。

虽然肿瘤分期、淋巴结转移和分级与KIRC的预后有显着相关性,但随着测序技术的发展,整合基因表达和临床特征的预后模型越来越受到关注。在这里,我们开发了一个缺氧相关基因预后模型,并在高风险和低风险亚组之间观察到总生存期的显着差异。1- (TCGA 0.68, ICGC 0.72)、3- (TCGA 0.67, ICGC 0.70) 和 5- (TCGA 0.71, ICGC 0.66) 年 AUC 分别显示了 TCGA 队列和 ICGC 队列中 ROC 曲线的良好准确性. 缺氧相关基因可能是有希望的 KIRC 预后生物标志物,为缺氧相关基因靶向治疗提供证据。

TIDE 评分可以预测患者对免疫治疗的反应,因为它可以反映肿瘤免疫逃避的潜在能力。在我们的结果中,高风险组的 TIDE 评分高于低风险组,表明低风险组的患者与高风险评分的患者相比,风险评分从 ICI 治疗中获益更多。此外,高 TIDE 评分预测更差的结果,这与我们的结果一致,它可能解释高风险评分组的预后更差。

综上所述,建立了独立预测KIRC患者预后的6个缺氧相关基因风险模型。不同的风险评分可能是免疫治疗策略的生物标志物。

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