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4+TCGA生信分析:泛癌分析KIF26B 在各种癌症的预后和免疫生物标记中的作用

生信基础 管理员 129℃ 0评论

题目:KIF26B in the Prognosis and Immune Biomarking of Various Cancers: A Pan-Cancer Study杂志:J Oncol

日期:2022 年 3 月 22 日

Doi: 10.1155/2022/4829697. eCollection 2022

 

KIF26B 已被确定为几种肿瘤中的癌基因;然而,它作为各种癌症预后指标的效用尚未得到全面评估。在这里,我们首先检查了 KIF26B 如何干预 TCGA 数据库中的 33 种癌症,包括潜在的免疫功能,以及它如何影响预后。基于开放数据库 TCGA、TIMER2、GEPIA2、GTEx、CPTAC 和 HPA,我们发现,与正常组织相比,KIF26B 在 22 个肿瘤组织中过表达。在生存分析之后,观察到 KIF26B 的表达与各种癌症的预后之间的关系。在评估的遗传改变中,突变是最常见的。相反,在乳腺癌、KIRC、LUAD 和 UCEC 中检测到 S977 的高磷酸化水平。我们还发现 KIF26B 与内皮细胞的免疫浸润和癌症相关的成纤维细胞浸润之间存在正相关或负相关。这可能意味着患者可能会从免疫疗法中受益。最后,实施了KEGG通路和GO富集分析,以确定KIF26B的分子机制。该研究从泛癌角度阐明了 KIF26B 的功能,并为癌症预后和免疫治疗研究提供了新的视野。

先前的研究表明,KIF26B 的高表达是各种癌症预后不良的指标。KIF26B 与癌症中的细胞增殖、迁移、侵袭甚至耐药性有关。张等人。报道 KIF26B 可能通过 VEGF 通路导致多种恶性肿瘤。然而,由于肿瘤异质性,特定基因在不同肿瘤中的表达和功能可能不同 。KIF26B 是否可以通过特定的分子机制在多种肿瘤的生长中发挥作用仍有待探索。到目前为止,还没有从各种肿瘤的角度进行泛癌研究。在这项工作中,我们通过 TCGA、GEO 和 CPTAC 数据库总结了 33 种不同肿瘤中 KIF26B 基因的分子特征,并预测了肿瘤发生和发展的功能机制。

我们的分析表明,KIF26B 基因在 23 种肿瘤组织中的表达明显高于相邻正常组织。GTEx 数据库用于补偿 SKCM 和 THYM 中 KIF26B 的表达高于正常组织。此外,IHC 分析在蛋白质水平上证实了这种趋势。KIF26B 基因在各种肿瘤组织中普遍高表达的发现表明了泛癌分析的重要性。最近的研究报道,KIF26B 在 BRCA、ECA 、结直肠癌  和胃癌中过度表达。KIF26B基因的过表达也与上述癌症的不良预后密切相关,这与本工作的生存数据结果相吻合。

如今,靶向治疗已成为恶性肿瘤最精准的治疗方法之一。众所周知,许多类型的癌症是由一个或多个基因的遗传改变引发的 ,特定癌症的预后可能由基因改变的方式决定 。这些修饰包括基因突变、扩增、深度缺失、结构变异和多重改变。我们的分析表明,KIF26B 主要经历了突变和扩增改变,UCEC 中的 KIF26B 突变显示出更长的 DFS、OS 和 PFS。在不久的将来,基因编辑技术的发展将允许对 KIF26B 基因进行修饰,这可能是治疗 UCEC、BRCA、SKCM、UCS、LIHC 和 STAD 等癌症的有希望的方法。相反,我们发现肿瘤组织中的 KIF26B 蛋白磷酸化水平高于正常组织,而不同的肿瘤共享不同的磷酸化位点。

鉴于肿瘤免疫微环境 (TME) 的新兴概念,进行了重要的泛癌分析。本研究表明,除了 COAD、SKCM 和 SKCM 转移以外,大多数癌症中 KIF26B 的表达和内皮细胞的免疫浸润呈正相关。目前,免疫疗法通过监测和清除肿瘤细胞已成为一种新的抗肿瘤策略。特别是,内皮细胞是抗肿瘤免疫中最相关的细胞,是肿瘤浸润淋巴细胞的重要组成部分 。因此,内皮细胞的作用和活性对于免疫治疗反应至关重要。在 COAD、SKCM 和 SKCM 转移灶中,KIF26 过表达,而内皮细胞的浸润则呈相反趋势。因此,靶向内皮细胞的激活或阻断肿瘤细胞的清除逃逸可能会改善这些癌症患者的预后。

相反,进行了KEGG和GO分析以探索KIF26B的分子机制。结果显示,KIF26B相关基因包括Adam12、CDH11、COL5A2、COL6A3和MYH9,主要富集在“PI3K-AKT信号”、“细胞凋亡”和“细胞周期”通路中;这与之前的研究相符。我们的富集分析表明,KFI26B 可能通过促进肿瘤生长、抑制细胞凋亡和重新排列细胞周期来发挥其致瘤作用。

总之,这项泛癌分析发现,KIF26B 可以作为致癌基因,并且可以具有与各种癌症的诊断和预后相关的基因改变。此外,KIF26B 可以影响大多数癌症中内皮细胞的浸润和分子途径。该研究可能有助于更好地了解KIF26B在癌症发生和发展中的作用,并为更精确和个性化的癌症治疗提供新的视野。

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