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2+TCGA生信分析:膀胱癌 mirna-mrna 表达调控对的整体分析

生信基础 管理员 122℃ 0评论

题目:Global analysis of miRNA-mRNA regulation pair in bladder cancer

杂志:World J Surg Oncol

日期:2022年3月3日

Doi:  10.1186/s12957-022-02538-w

2+TCGA生信分析:膀胱癌 mirna-mrna 表达调控对的整体分析插图

 

目的MicroRNA (miRNA) 是一类短的非编码 RNA 分子,在 RNA 沉默和基因表达的转录后调控中发挥作用。本研究旨在确定有助于膀胱癌 (BLCA) 发病机制的关键 miRNA-mRNA 调节对。

患者和方法:从基因表达综合 (GEO) 和癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库下载 MiRNA 和 mRNA 微阵列和 RNA 测序数据集。GEO2R和R包工具用于筛选差异miRNA(DE-miRNA)和mRNA(DE-mRNA),并使用DAVID、DIANA和Hiplot工具进行基因富集分析。从实验验证的 miRNA-靶相互作用数据库(miRTarbase 和 TarBase)中筛选出 miRNA-mRNA 调节对。28对BLCA组织用于通过定量逆转录和聚合酶链反应(qRT-PCR)进一步验证筛选的DE-miRNA和DE-mRNA。通过受试者工作特征曲线(ROC)和决策曲线分析(DCA)评估miRNA-mRNA调控对的诊断价值。

结果在 miRTarBase 之后,对 2 个 miRNA 数据集、6 个 mRNA 数据集和 TCGA-BLCA 数据集进行分析,共筛选出 13 个 miRNA(BLCA 组织中 5 个下调和 8 个上调)和 181 个 mRNA(BLCA 组织中 72 个上调和 109 个下调)出去。使用 qRT-PCR 在外部验证队列(28 BLCA 与 28 NC)中验证了 miR-17-5p(在 BLCA 组织中上调)和 TGFBR2(在 BLCA 组织中下调)对。在 TCGA- BLCA和0.767 (95% CI: 0.643-0.891, p= 0.001) 在外部验证中。DCA 还表明 miRNA-mRNA 调节对具有出色的诊断性能,可将 BLCA 与正常对照区分开来。相关分析显示miR-17-5p和TGFBR2与肿瘤免疫相关。

结论总之,我们已经确定了可能参与 BLCA 发病机制并在疾病诊断、肿瘤免疫和其他临床应用中发挥重要作用的 miRNA-mRNA 调节对(miR-17-5p 和 TGFBR2)。该研究确定了潜在的miRNA-mRNA调控对,为探索BLCA的起源和发展提供了新思路。

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