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4+TCGA生信分析:预测胰腺癌患者生存率的新的免疫相关预后信号

生信基础 管理员 196℃ 0评论

题目:A Novel Immune-Related Prognostic Signature Predicting Survival in Patients with Pancreatic Adenocarcinoma

杂志:J Oncol

日期:2022年3月18日

Doi: 10.1155/2022/8909631. eCollection 2022

 

胰腺腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)主要是指来源于胰管上皮细胞和滤泡细胞的恶性肿瘤,是消化系统常见的恶性肿瘤。根据美国国家综合癌症网络中心2020年的数据,2019年美国约有54万人被诊断患有胰腺癌,因胰腺癌死亡的人数约为43万人。据美国癌​​症协会报道,胰腺癌的发病率在美国主要癌症中排名前十,在癌症相关死因中排名第三。胰腺导管腺癌(PDAC)是最常见的胰腺癌类型,来源于胰腺导管上皮细胞,占所有胰腺癌患者的80%~90%。一些研究表明,PDAC 的死亡率与发病率密切相关。更糟糕的是,PDAC 的死亡率在全球癌症相关死亡原因中排名第四 。如今,基本的治疗原则仍以手术为主,结合放疗、化疗等综合治疗方法。尽管付出了巨大的努力,PDAC 的存活率仍然很低,其中 5 年存活率不到 7% 。由于 PAAD 的预后不良,可能非常需要探索新的预后生物标志物。

作为一种癌症疗法,免疫疗法可以基于免疫系统来对抗癌症。目前,人们越来越意识到免疫疗法可能显示出有效和安全地治疗肿瘤的潜力。近年来,生物信息学取得了重大进展,促进了公共数据库挖掘在癌症生物标志物识别中的应用。随着理论研究的深入,免疫相关基因 (IRG) 在几种癌症的发展和免疫治疗中显示出潜力。陈等人。已经通过 IRGs 开发了头颈部鳞状细胞癌的预后特征,可以有效区分免疫检查点抑制剂治疗的预后、分子和免疫特征以及免疫益处 。这些研究确定免疫相关的预测性生物标志物可以提高免疫治疗效果 。通过 IRGs 筛选预后生物标志物无疑是癌症研究热点的免疫治疗。缺乏与 PAAD 患者肿瘤免疫微环境相关的预后生物标志物促使我们探索 PAAD 中的一些免疫相关生物标志物,这可能会指导适当的治疗技巧以提高 PAAD 的治疗效果。

据我们所知,这项研究可能是第一个直接通过生物信息学筛选 PAADs 的免疫相关预后生物标志物的研究。我们首先从 Gene Expression Omnibus (GEO) 和 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库中收集了 9 个数据集。然后通过 PAAD 中的免疫相关基因进行 WGCNA。从关键模块中筛选出符合标准的Hub基因。此外,选择了 22 个重叠的 DEG,其中 4 个与 hub 基因相同。因此,四个 IRGs 被认为是初始预后因素,并使用其他方法进一步验证。之后,通过四个 IRGs 构建了一个风险特征,这可能是一种新的 PAAD 预后预测工具,并指导更有效的免疫治疗策略。此外,我们开发了一个综合考虑风险特征的列线图,临床特征。建立的用于预测PAAD生存率的列线图可以为临床应用提供一些有益的指导。

总之,首先筛选出WGCNA中的hub基因。然后使用 TCGA-PAAD 数据和 MMD 进一步识别 DEG。此外,通过WGCNA鉴定的重叠核心基因和异常表达的IRGs筛选出四个IRGs。所有四个 IRGs 都被筛选出来并证实与 PAAD 的不良预后相关。此外,选择并验证了 3 种分子药物(舒必利、法莫替丁和萘啶酸)具有治疗 PAAD 的潜力。总之,本研究表明,四种 IRG 可能是 PAAD 的新型免疫相关预后生物标志物。此外,三分子药物可能对 PAAD 的治疗起作用。构建并验证了免疫相关的预后特征,作为一种独立的预后生物标志物,具有出色的 PAAD 预后预测潜力。

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