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2+TCGA生信分析:甲状腺癌自噬相关 lncRNA 预后风险模型

生信基础 管理员 240℃ 0评论

题目:An autophagy-related lncRNA prognostic risk model for thyroid cancer

杂志:Eur Arch Otorhinolaryngol

日期:2021 年 11 月 1 日

Doi:  10.1007/s00405-021-07134-4. Epub 2021 Nov 1

 

目的

甲状腺癌(TC)是内分泌系统最常见的恶性肿瘤,其发病率呈逐年上升趋势。研究表明自噬与甲状腺癌之间存在密切联系。我们构建了甲状腺癌自噬相关长链非编码 RNA (lncRNA) 的预后模型,并探讨了其预后价值。

方法

本研究中使用的数据均来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库和人类自噬数据库(HADb)。我们通过自噬相关基因和lncRNA构建共表达网络以获得自噬相关lncRNA。经过单变量 Cox 回归分析和多变量 Cox 回归分析,确定了与预后显着相关的自噬相关 lncRNA。根据lncRNA的风险评分,将甲状腺癌患者分为高危组和低危组。

结果

从 TCGA 数据库和 HADb 中分别获得了 14,142 个 lncRNA 和 212 个自噬相关基因 (ATG)。我们进行了 lncRNA-ATGs 相关性分析,最终获得了 1166 个自噬相关 lncRNA。随后,我们进行了单变量 Cox 回归分析和多变量 Cox 回归分析,9 个自噬相关 lncRNA(AC092279.1、AC096677.1、DOCK9-DT、LINC02454、AL136366.1、AC008063.1、AC004918.3、LINC02471 和 AL162231。 2)与预后显着相关的鉴定。基于这些自噬相关的lncRNA,构建了风险模型。风险评分的曲线下面积(AUC)为0.905,证明风险签名的准确性更高。此外,多元回归分析表明,风险评分是甲状腺癌的重要独立预后危险因素。

结论

本研究在甲状腺癌中建立了9个自噬相关的lncRNA来预测甲状腺癌患者的预后。

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