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5+TCGA生信分析:5mC 相关的 lncRNA 作为结肠腺癌的潜在预后生物标志物

生信基础 管理员 182℃ 0评论

题目:5mC-Related lncRNAs as Potential Prognostic Biomarkers in Colon Adenocarcinoma

杂志:Biology (Basel)

日期:2022 年 2 月 1 日

Doi:  10.3390/biology11020231

5+TCGA生信分析:5mC 相关的 lncRNA 作为结肠腺癌的潜在预后生物标志物插图

 

为了确定 5mC 相关 lncRNA 在结肠腺癌 (COAD) 中的预后意义,我们检测了 TCGA 中 21 个 5mC 调节的 COAD 基因的表达水平和突变。我们还使用 Pearson 相关分析鉴定了与 5mC 调节基因相关的 lncRNA。在最小绝对收缩和选择算子(Lasso)Cox回归后,选择了4个5mC相关lncRNA的风险特征。接下来,证明了风险签名的预测功效。此外,还确定了这种风险特征的生物学机制和潜在的免疫治疗反应。总的来说,我们构建了 5mC 相关的 lncRNA 风险特征,可以为 COAD 患者提供新的预后预测。

在全球范围内,结肠腺癌(COAD)是最常见的恶性肿瘤之一。约40~50%的晚期结肠腺癌患者死于复发和转移。长链非编码 RNA (lncRNA) 和 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 调节基因已被证明与 COAD 的进展和预后有关。本研究的目的是探索 5mC 相关 lncRNA 特征在 COAD 中的生物学特征和潜在预测价值。本研究利用癌症基因组图谱(TCGA)获取COAD中基因的表达和体细胞突变,并通过Pearson相关分析筛选出参与5mC调控基因的lncRNA。此外,我们应用单变量 Cox 回归和 Lasso Cox 回归来构建 5mC 相关的 lncRNA 特征。然后 Kaplan-Meier 生存分析,进行了主成分分析 (PCA)、受试者工作特征 (ROC) 曲线和列线图来估计风险特征的预后影响。GSEA 用于预测风险特征的下游访问。最后,分析了针对该风险特征的免疫特征和免疫治疗特征。在结果中,我们在 TCGA 数据库中通过 Pearson 相关分析获得了 1652 个 5mC 相关的 lncRNA。接下来,我们通过单变量和 Lasso Cox 回归选择了一个包含 4 个 5mC 相关 lncRNA 的风险特征。证明了风险签名的预后价值。最后,确定了风险特征的生物学机制和潜在的免疫治疗反应。总的来说,我们构建了 5mC 相关的 lncRNA 风险特征。

在本研究中,我们首先从 TCGA 数据库中获得了 13,413 个 lncRNA 和 21 个 5mC 调控基因的表达谱。然后,我们利用 Pearson 相关分析发现了与 5mC 相关的 lncRNA。我们还构建了一个 5mC 相关的 lncRNA 预后特征。最后,我们探讨了风险特征的免疫治疗反应。这一结果可能为 COAD 患者的个体化治疗提供新的预后生物标志物和新的视角。

总之,我们确定了四种 5mC 相关的 lncRNA,可用作 COAD 的独立预测指标。这种风险特征可能有助于区分免疫学特征和分子特征,作为免疫治疗的潜在预后指标。

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