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5.68分TCGA生信分析:用于预测胰腺腺癌预后的新型坏死性凋亡相关基因特征

生信基础 管理员 146℃ 0评论

题目:Novel necroptosis-related gene signature for predicting the prognosis of pancreatic adenocarcinoma

杂志:Aging (Albany NY)

日期:2022 年 1 月 24 日

Doi:  10.18632/aging.203846. Epub 2022 Jan 24

5.68分TCGA生信分析:用于预测胰腺腺癌预后的新型坏死性凋亡相关基因特征插图

 

胰腺腺癌(PAAD)是一种致命的消化系统肿瘤,预后较差。最近,坏死性凋亡被认为是一种炎症性程序性细胞死亡。然而,PAAD 中坏死性凋亡相关基因 (NRG) 的表达及其与预后的关系仍不清楚。研究了来自 TCGA 和 GEO 数据集的 PAAD 样本中 NRG 的预测潜力。使用 Lasso 回归构建预测模型。共表达分析表明,基因表达与坏死性凋亡密切相关。NRGs 显示在高危人群中有些过表达,即使没有其他临床症状存在,这表明它们可用于预测 PAAD 预后的模型。GSEA 在高危组中显示出免疫学和肿瘤相关通路。根据调查结果,免疫功能和 m6A 基因在低风险和高风险组之间存在显着差异。MET、AM25C、MROH9、MYEOV、FAM111B、Y6D 和 PPP2R3A 可能与 PAAD 患者的肿瘤学过程有关。此外,CASKIN2、TLE2、USP20、SPRN、ARSG、MIR106B 和 MIR98 可能与低危 PAAD 患者相关。NRGs 以及 PAAD 中免疫功能、免疫检查点和 m6A 基因表达与 NRGs 的关系可被视为潜在的治疗靶点,应进一步研究。

细胞凋亡抗性是导致癌症治疗期间化疗失败的重要障碍。可以通过绕过凋亡途径增加癌细胞死亡来解决这个问题。当细胞凋亡不能正常发生时,细胞就会死亡。坏死是作为细胞凋亡的“替代品”启动的。它是一种不依赖半胱天冬酶、受调节的坏死细胞死亡机制,主要由受体相互作用蛋白 1 (RIP1)、RIP3 和混合谱系激酶域样蛋白 (MLK​​L) 介导 。坏死细胞会排出其内容物,刺激周围细胞的炎症反应,激活机体的免疫反应。因此,细胞坏死在肿瘤发生、转移以及感染和炎症性疾病中起着重要作用 。坏死性凋亡会促进癌症扩散,尽管它可以抑制癌症 。然而,只有少数基于序列的研究对 PAAD 坏死性凋亡患者的异常基因表达及其与总生存期 (OS) 的关系进行了研究。

PAAD 患者的免疫检查点相关基因谱可用于识别、评估和预测治疗反应。尽管对 NRGs 和 PAAD 之间的联系几乎没有分析,但研究 NRGs、免疫、免疫检查点和 m6A 与 PAAD 临床病理肿瘤选择之间的相互作用很重要。PAAD基因表达异常和坏死性凋亡的原因和机制尚不清楚。需要进一步研究 PAAD 患者 NRGs 的转录改变,以研究 NRGs 通路对 PAAD 患者预后的影响。因此,了解 NRGs 对 PAAD 发展的影响可能会找到一种可用作治疗靶点的生物标志物。

在 PAAD 患者中总共发现了 14 个预期的 NRG。该研究结果有助于全面了解坏死性凋亡、免疫功能、ICI、m6A和免疫细胞之间的关系,了解NRGs在PAAD恶性肿瘤发生和发展中的潜在作用,为寻找新的治疗靶点和提供研究思路。预后指标。

本研究旨在通过发现与 PAAD 患者预后相关的 NRGs 表达来形成 PAAD 预后的预后模型。全面了解 NRGs 及其相关靶点的侵袭,将开发创新的 PAAD 治疗靶点和药理学方法。

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