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6+TCGA生信分析发文思路

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题目:BACH1: A Potential Predictor of Survival in Early-Stage Lung Adenocarcinoma

杂志:Oxid Med Cell Longev

日期:2022 年 1 月 6 日

Doi: 10.1155/2022/3921095. eCollection 2022

6+TCGA生信分析发文思路插图

 

肺癌(Lung cancer,LC)是威胁人类健康和生命的恶性肿瘤之一。近50年来,许多国家报告肺癌发病率和死亡率显着增加,在所有恶性肿瘤中男性居首位,女性居第二位。在 LC 的所有病理表型中,非小细胞肺癌 (NSCLC) 的发病率最高,尤其是肺腺癌。

转录因子是与 DNA 调节序列结合以调节基因转录的蛋白质,这可能导致基因转录、蛋白质合成和细胞功能的改变。转录激活剂促进基因转录,阻遏物抑制参考文献。BTB 和 CNC 同源性 1 (BACH1) 属于 bZIP 转录因子家族。BACH1 mRNA 在肿瘤微环境 (TME) 中丰富的单核细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞亚群中高度表达。由于这些免疫细胞在实体瘤的发展过程中几乎协调了所有的增殖、分化和转移,因此 TME 系统已被公认为最有前途的抗肿瘤疗法 。

正如最近报道的那样,活性氧系统(ROS)已被定义为肿瘤组织稳态和细胞分化和转移的另一个重要因素。抗氧化转录因子 NRF2 在癌症中含量丰富,这表明增加的抗氧化防御有助于肿瘤进展。ROS 在正常或肿瘤组织的稳态中发挥着至关重要的作用,并暗示其在 TME 系统中的矛盾和复杂作用。李等人。发现血红素可以通过抑制BACH1的激活来抑制三阴性乳腺癌(TNBC)的发展,BACH1可以负向调节线粒体中电子传递链(ETC)的基因表达。利尼托等人。和 Wiel 等人。12组报告了KrasG12D中的NRF2激活;p53flox/flox 肺肿瘤小鼠模型可通过抑制血红素间接促进 BACH1 的稳定性并最终诱导肺癌的转移,这可能与抗氧化治疗有关。

上述研究表明,BACH1的上调促进了肺癌的转移。然而,没有直接证据表明 BACH1 表达与早期肺癌的预后有关。

我们利用生物信息学方法,如癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库来探索 BACH1 表达在早期肺腺癌预后中的作用。在这项研究中,我们建立了一个 BACH1 相关的预后模型来预测早期肺腺癌的总生存期 (OS)。此外,还进行了生物信息学分析,以探索预后的生物学过程和可能的细胞信号通路。

 

目的: 最近的研究表明BACH1在促进肺癌转移中的重要作用。我们旨在探索 BACH1 在预测早期(I-II 期)肺腺癌总体生存期 (OS) 中的价值。患者和方法. 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出肺腺癌病例。进行功能富集分析以获得BACH1的生物学机制。进行基因集富集分析 (GSEA) 以确定高 BACH1 组和低 BACH1 组之间生物途径的差异。单变量和多变量 COX 回归分析已用于筛选预后因素,用于在 TCGA 数据集中建立基于 BACH1 表达的预后模型。C指数和时间相关的AUC曲线用于评估模型的预测能力。在来自 Gene Expression Omnibus (GEO) 的两个独立数据集中对预后值进行了外部验证。决策分析曲线最终用于评估基于 BACH1 的模型在单独病理阶段之外的临床实用性。

结果: BACH1是肺腺癌的独立预后因素。高表达 BACH1 病例的 OS 较差。基于 BACH1 的预后模型显示出理想的 C 指数和t – AUC,并由两个 GEO 数据集独立验证。更重要的是,基于 BACH1 的模型通过 DCA 曲线表明了积极的临床适用性。

结论: 在这项开创性研究中,我们通过建立基于 BACH1 的预后模型,结合 BACH1 表达和临床特征,证实 BACH1 是早期肺腺癌的重要预后因素。该预后模型通过各种统计指标进行评估,并通过独立数据集进行验证,并证明是准确的。更重要的是,基于 BACH1 的模型通过 DCA 曲线表明了积极的临床适用性。

总之,我们的研究证实了 BACH1 在早期肺腺癌预后中的重要作用。影响癌症增殖和侵袭的复杂细胞信号网络的编排使 BACH1 成为 NSCLC 预后的有希望的预测因子和新的潜在癌症靶点。

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