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4+TCGA生信分析:泛癌分析将 BIRC5 确定为预后生物标志物

生信基础 管理员 238℃ 0评论

题目:Pan-cancer analysis identifies BIRC5 as a prognostic biomarker

杂志:BMC Cancer

日期:2022 年 3 月 25 日

Doi: 10.1186/s12885-022-09371-0

 

背景: BIRC5基因编码Survivin蛋白,该蛋白是凋亡抑制家族的成员。Survivin 在人类胎儿发育过程中被发现,但之后通常不在成体细胞中发现。先前的研究表明,大多数癌细胞中都含有丰富的生存素,因此使其成为抗癌药物的有希望的靶点和潜在的预后工具。

方法: 为了评估 BIRC5 基因的遗传改变和突变以及 BIRC5 与其他基因的共表达,通过 cBioPortal 下载了来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的大约 9000 个样本的基因组和转录组数据,这些样本代表 33 种不同的癌症类型和 11 种泛癌症器官系统,并使用 ICGC 数据门户和 COSMIC 进行验证。从 Broad GDAC Firehose 下载了来自 33 种不同癌症类型的 TCGA BIRC5 RNA 测序数据和匹配的 16 种癌症类型的正常组织样本,并使用来自我们之前工作的乳腺癌微阵列数据和来自 GENT2 基于网络的工具的数据集进行了验证。使用多变量 Cox 比例风险回归分析分析生存数据,并使用 KM 绘图仪对乳腺癌、卵巢癌、肺癌和胃癌进行验证。

结果: 尽管 BIRC5 的基因改变在癌症中并不常见,但在 16 种不同癌症类型中,与正常组织相比,BIRC5 在癌症组织中的表达显着高于正常组织。对于 14/33 癌症类型,较高的 BIRC5 表达与较差的总体生存率有关(OS,在调整年龄和肿瘤分级后为 4/14,仅在调整年龄后为 10/14)。有趣的是,在肺鳞状细胞癌和卵巢浆液性囊腺癌中,较高的 BIRC5 表达与较好的 OS 相关。较高的 BIRC5 表达也与 14/33 癌症类型的更短的无进展间期 (PFI) 相关(调整年龄和肿瘤等级后为 4/14,仅调整年龄后为 10/14)。外部验证表明,BIRC5 的高表达与乳腺癌、肺癌和胃癌的较差 OS 显着相关。

结论: 我们的研究结果表明,BIRC5 过表达与几种癌症类型的发生和进展相关,因此是一种很有前景的预后生物标志物。

总之,BIRC5确实在大多数癌症类型中过度表达,这通常与患者的临床结果相关。尽管公开可用的 TCGA 数据对探索性泛癌研究很有用,但这些发现需要在蛋白质水平上在特定肿瘤类型中进一步检查,以评估BIRC5 /Survivin 的临床效用。当前研究的一个局限性是缺乏类似于 TCGA 数据集的大型数据集,该数据集包含基因表达和临床数据,以验证BIRC5表达在癌症中的预后相关性。在未来的研究中,评估BIRC5的影响也会很有趣表达水平对化疗疗效的影响。在肿瘤学中,为了选择正确的治疗方案,一直需要更好的预测标志物。一些治疗方案不仅与急性毒性有关,而且与长期慢性并发症有关 。我们的研究表明BIRC5作为几种癌症类型的有前途的预后生物标志物,但这些发现需要进一步研究。

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