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6+TCGA生信分析思路:乳腺癌预后相关基因的综合分析

生信基础 管理员 130℃ 0评论

题目:Comprehensive Analysis of Prognostic Microenvironment-Related Genes in Invasive Breast Cancer

杂志:Front Oncol

日期:2022 年 1 月 3 日

Doi: 10.3389/fonc.2021.576911. eCollection 2021

 

最近的研究表明,肿瘤微环境有助于乳腺癌 (BRCA) 的发展、进展和治疗反应。然而,肿瘤微环境相关基因在 BRCA 常规诊断测试或治疗决策中的作用仍然难以捉摸。通过 ESTIMATE 算法计算的 Immune/stromal/ESTIMATE 评分量化了肿瘤中的免疫和基质成分,从而可以反映肿瘤微环境。为了研究肿瘤微环境相关基因与侵袭性 BRCA 预后的关联,我们在此结合侵袭性 BRCA 中的癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库分析了免疫/基质/ESTIMATE 评分。我们发现免疫/基质/估计评分与侵袭性 BRCA 临床病理因素显着相关。基于免疫/基质/ESTIMATE评分,我们提取了一系列与肿瘤微环境相关的差异表达基因(DEGs)。进一步进行生存分析以确定高频 DEGs (HF-DEGs) 列表,其在侵袭性 BRCA 中表现出预后价值。重要的是,与生物信息学分析的结果一致,免疫组织化学结果显示高 SASH3 表达与侵袭性 BRCA 患者的良好预后相关。我们的研究结果表明,本研究中发现的与肿瘤微环境相关的 HF-DEGs 具有预后价值,可作为侵袭性 BRCA 的潜在生物标志物和治疗靶点。进一步进行生存分析以确定高频 DEGs (HF-DEGs) 列表,其在侵袭性 BRCA 中表现出预后价值。重要的是,与生物信息学分析的结果一致,免疫组织化学结果显示高 SASH3 表达与侵袭性 BRCA 患者的良好预后相关。我们的研究结果表明,本研究中发现的与肿瘤微环境相关的 HF-DEG 具有预后价值,可作为侵袭性 BRCA 的潜在生物标志物和治疗靶点。进一步进行生存分析以确定高频 DEGs (HF-DEGs) 列表,其在侵袭性 BRCA 中表现出预后价值。重要的是,与生物信息学分析的结果一致,免疫组织化学结果显示高 SASH3 表达与侵袭性 BRCA 患者的良好预后相关。我们的研究结果表明,本研究中发现的与肿瘤微环境相关的 HF-DEGs 具有预后价值,可作为侵袭性 BRCA 的潜在生物标志物和治疗靶点。

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