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2+TCGA生信分析:预测肝细胞癌预后存活的基因特征

生信基础 管理员 123℃ 0评论

题目:Gene signature to predict prognostic survival of hepatocellular carcinoma

杂志:Open Med (Wars)

日期:2022 年 1 月 7 日

Doi:  10.1515/med-2021-0405. eCollection 2022

2+TCGA生信分析:预测肝细胞癌预后存活的基因特征插图

 

肝细胞癌(HCC)发病率高,预后差,是第二大致命癌症,某些HCC患者也表现出高异质性。本研究开发了一种用于预测 HCC 临床结果的预后模型。HCC的RNA和microRNA(miRNA)测序数据来自癌症基因组图谱。通过 DESeq 算法检查 HCC 肿瘤和相邻正常肝组织之间的 RNA 失调。进行生存分析以确定基本的预后指标。我们鉴定了包含 15,364 对 mRNA 长非编码 RNA (lncRNA) 的竞争性内源性 RNA (ceRNA)。使用超几何测试开发了一个包含 8 个 miRNA、434 个 mRNA 和 81 个 lncRNA 的不平衡 ceRNA 网络。功能分析表明这些RNA与生物合成密切相关。尤其,53个mRNA显示出显着的预后相关性。最小绝对收缩和选择算子的特征选择检测到四个特征基因(SAPCD2DKC1CHRNA5UROD),基于此,使用 Cox 回归分析构建了 HCC 的四基因独立预后特征。四基因签名可以对训练、测试和外部验证集中的样本进行分层(p <0.01)。训练和验证集中 ROC 曲线下的五年生存面积 (AUC) 大于 0.74。目前的预后基因模型在预测 HCC 患者的总生存期 (OS) 方面表现出高度的稳定性和准确性。

本研究从原发性 HCC 肿瘤和邻近的正常肝组织中鉴定出几种差异表达的基因、miRNA 和 lncRNA。基于失调的 RNA 建立了 HCC 的 ceRNA 网络,并开发了预测 HCC 患者 OS 的预后特征。目前的研究结果强调了失调的 RNA 参与 HCC 发展和预后的潜在机制。这项研究的结果为开发新的 HCC 临床诊断和治疗生物标志物提供了新的见解。

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