生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

6.68分TCGA生信分析:PNPO 在泛癌中的预后意义和致癌作用

生信基础 管理员 126℃ 0评论

题目:Prognostic Implication and Oncogenic Role of PNPO in Pan-Cancer

杂志:Front Cell Dev Biol

日期:2022 年 1 月 21 日

Doi: 10.3389/fcell.2021.763674. eCollection 2021

6.68分TCGA生信分析:PNPO 在泛癌中的预后意义和致癌作用插图

 

目的:吡哆醇5′-磷酸氧化酶(PNPO)是维生素B6代谢的关键酶,影响卵巢癌和乳腺癌的发生。然而,PNPO 在其他类型癌症中的作用仍然未知。方法:PNPO 的表达由癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型组织表达(GTEX)数据库解释。通过 cBioPortal 数据库和人类多器官组织阵列分析人类有机组织中的 PNPO 基因组改变和蛋白质表达。具有药物敏感性分析的 PNPO 来自 CellMiner 数据库。使用 TCGA、ESTIMATE 算法和 TIMER 分析 PNPO 表达与生存结果、临床特征、DNA 错配修复系统 (MMR)、微卫星不稳定性 (MSI)、肿瘤突变负荷 (TMB) 和免疫相关细胞浸润之间的相关性数据库。基因集富集分析(GSEA)被用于阐明PNPO在泛癌中的生物学功能。

结果:差异分析表明,与正常组织相比,21种肿瘤类型中PNPO mRNA表达水平上调,这与其在大多数癌症类型中的蛋白表达水平一致。PNPO的异常表达可以预测食管癌(ESCA)、肾肾透明细胞癌(KIRC)、前列腺腺癌(PRAD)、卵巢浆液性囊腺癌(OV)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)患者的生存结局。此外,最常见的 PNPO 基因组突变类型被扩增。此外,异常的 PNPO 表达与各种癌症的 MMR、MSI、TMB 和药物敏感性有关。通过ESTIMATE算法和TIMER数据库挖掘,PNPO的表达与泛癌中各种免疫相关细胞的浸润水平有关。

结论:我们的研究结果表明,PNPO 是预测泛癌患者预后、药物敏感性和免疫反应的潜在分子生物标志物。

转载请注明:智汇基因 » 6.68分TCGA生信分析:PNPO 在泛癌中的预后意义和致癌作用

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址