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2+TCGA肝癌生信分析都做了什么?

生信基础 管理员 174℃ 0评论

题目:Identification of potential biomarkers for diagnosis of hepatocellular carcinoma

杂志:Exp Ther Med

日期:2022 年 1 月

Doi: 10.3892/etm.2021.10973. Epub 2021 Nov 15

2+TCGA肝癌生信分析都做了什么?插图

 

肝细胞癌(HCC)由于其复杂性而具有很高的死亡率。与正常肝组织相比,鉴定 HCC 组织中异常表达的基因是研究 HCC 肿瘤发生和进展机制的可行策略,是开发新疗法的一种手段。Gene Expression Omnibus (GEO) 和 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 的一个显着优势是其中的数据是从不同的独立研究人员收集的,并且可以进行整合,从而实现更稳健的数据分析。因此,在本研究中,HCC 和对照样本的基因表达谱是从 GEO 和 TCGA 下载的。使用 Metascape 数据集进行功能富集分析,并使用用于检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具 (STRING) 在线数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络。使用公共在线工具 Kaplan-Meier Plotter 评估 mRNA 对 HCC 的预后价值。从 cBioPortal 获得基因 mRNA 热图和 DNA 扩增数。共鉴定了 2,553 个上调基因。功能富集分析表明,这些差异表达基因(DEGs)主要在RNA代谢和细胞周期中积累。考虑到 HCC 分子改变的复杂性和异质性,多个基因预测 HCC 患者比单个基因更可靠。因此,应用 PPI 网络和单变量 Cox 回归分析筛选候选基因(小核核糖核蛋白多肽 B 和 B1、核孔蛋白 37、Rac GTPase 激活蛋白 1、驱动蛋白家族成员 20A、微型染色体维持 10 复制起始因子、泛素结合酶 E2 C 和透明质酸介导的运动受体)与 HCC 患者的总生存期和无进展生存期相关。总之,本研究确定了一组与HCC患者总生存期和无进展生存期相关的基因,为HCC的预后提供了有价值的信息。泛素结合酶 E2 C 和透明质酸介导的运动受体)与 HCC 患者的总生存期和无进展生存期相关。总之,本研究确定了一组与HCC患者总生存期和无进展生存期相关的基因,为HCC的预后提供了有价值的信息。泛素结合酶 E2 C 和透明质酸介导的运动受体)与 HCC 患者的总生存期和无进展生存期相关。总之,本研究确定了一组与HCC患者总生存期和无进展生存期相关的基因,为HCC的预后提供了有价值的信息。

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