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6+TCGA生信分析:自噬相关特征作为肝细胞癌的预后指标

生信基础 管理员 275℃ 0评论

题目:Autophagy-Related Signatures as Prognostic Indicators for Hepatocellular Carcinoma

杂志:Front Oncol

日期:2022 年 3 月 24 日

Doi: 10.3389/fonc.2022.654449. eCollection 2022

6+TCGA生信分析:自噬相关特征作为肝细胞癌的预后指标插图

 

背景: 肝细胞癌(HCC)是最常见和最致命的肝癌类型。自噬是将受损或老化的细胞成分转运到溶酶体中进行消化和降解的过程。越来越多的证据表明自噬是肿瘤进展的关键因素。本研究的目的是确定一组新的肝癌自噬相关预后标志物。

方法: 我们基于癌症基因组图谱(TCGA)和国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库对自噬相关基因(ARG)表达谱和相应的临床信息进行了综合分析。单变量 Cox 比例回归模型用于筛选候选自噬相关预后基因。此外,多变量 Cox 比例回归模型用于识别五个关键的预后自噬相关基因(ATIC、BAX、BIRC5、CAPNS1 和 FKBP1A),用于构建预后特征。实时 qPCR 分析用于评估 20 个手术切除的 HCC 样本和匹配的肿瘤邻近正常组织样本中 ARGs 的表达水平。此外,FKBP1A 对自噬和肿瘤进展的影响通过进行体外体内实验。

结果: 根据预后特征,肝癌患者在总生存期 (OS) 方面显着分为高危组和低危组。随后的多变量 Cox 回归分析表明,预后特征仍然是 OS 的独立预后因素。与其他临床参数相比,具有更好曲线下面积 (AUC) 的预后特征在预测 HCC 患者的生存方面表现出更好的性能。此外,FKBP1A 在 HCC 组织中过表达,FKBP1A 的敲低通过 PI3K/AKT/mTOR 信号通路损害细胞增殖、迁移和侵袭。

结论: 本研究为监测 HCC 患者的预后提供了一种前瞻性的生物标志物。

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