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2+TCGA生信分析:肝细胞癌预后基因的鉴定

生信基础 管理员 156℃ 0评论

题目:Identification of Prognostic Genes in Hepatocellular Carcinoma

杂志:Int J Gen Med

日期:2022 年 3 月 11 日

Doi: 10.2147/IJGM.S347535. eCollection 2022

2+TCGA生信分析:肝细胞癌预后基因的鉴定插图

 

背景: 以往的研究已经证明了肿瘤干细胞(TSCs)在肝细胞癌(HCC)发展中的重要作用;然而,尚未研究 TSC 相关的遗传标记。

目的: 本研究的目的是使用癌症基因组图谱 (TCGA) 和基因表达综合 (GEO) 数据库确定干细胞相关的特征基因以预测 HCC 的预后。

方法: 本研究 共使用了 423 个肝 HCC 组织样本,包括来自 TCGA 的 373 个肿瘤和 50 个相邻正常组织样本,以及来自 GEO GSE76427 数据库的 115 个原发肿瘤和 52 个相邻非肿瘤组织样本。结合非负矩阵分解(NMF)算法、t分布随机邻域嵌入(t-SNE)算法和Cox回归分析进行模型构建和验证。

结果: 总体而言,使用 NMF 和 t-SNE 算法鉴定了 6 个簇,其中包含 470 个干细胞相关基因。结果表明,第 5 组患者的预后最差。对于多变量 Cox 生存分析,选择了 15 个具有最佳 λ 值的基因,并使用最佳 Akaike 信息标准值将 8 个基因纳入最终回归模型。使用上述八个特征基因对风险模型的验证表明该模型具有很强的可靠性和稳定的预测性能。

结论: 本研究结果表明八基因(Hes家族BHLH转录因子5、KIT配体、甲基转移酶样3、蛋白酶体26S亚基非ATP酶1、Ras相关蛋白Rab-10、糖浆核糖体生物发生因子1、该模型构建的YTH N6-甲基腺苷RNA结合蛋白2和锌指CCCH-Type Containing 13)特征在预测HCC患者预后方面可能是可靠的。

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