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3+TCGA生信分析:头颈部鳞状细胞癌miR-21-5p关键靶基因及通路研究

生信基础 管理员 134℃ 0评论

题目:Investigation of miR-21-5p Key Target Genes and Pathways in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Based on TCGA Database and Bioinformatics Analysis

杂志:Technol Cancer Res Treat

日期:2022 年 1 月至 12 月

Doi: 10.1177/15330338221081245.

 

 

目的:头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是全球第六大最常见的恶性肿瘤。据报道,过表达的 microRNA-21-5p (miR-21-5p) 与 HNSCC 的发展有关。然而,miR-21-5p 在 HNSCC 中的作用仍未完全阐明。本研究的目的是探索 miR-21-5p 在 HNSCC 中的潜在分子机制。

方法:RT-qPCR用于确定HNSCC患者组织样本中miR-21-5p的差异表达水平。基于从基因表达综合 (GEO) 数据库、癌症基因组图谱 (TCGA) 收集的 miRNA 表达数据进行荟萃分析,并发表文章评估 miR-21-5p 在 HNSCC 中的表达。我们通过基因本体富集和目标预测分析研究了 miR-21-5P 的生物学功能。此外,还进行了 RT-qPCR 和 IHC 以验证靶基因的表达。最后,进行 Kaplan-Meier 生存分析以评估推定的 miR-21-5p 靶基因的预后价值。

结果:与健康组织相比,HNSCC 中 MiR-21-5p 显着过表达(P< .05) 并显示出强大的预测能力,总结接收器操作特性为 0.90。同时,miR-21-5p的表达与HNSCC的肿瘤分期、T分期和吸烟呈显着相关(P < .05)。从分析整合中获得了总共 71 个下调基因,包括 HNSCC 相关和 miR-21-p5 相关。两个预测基因(ADH7、RDH12)在 HNSCC 中下调,并与 miR-21-5p 显着负相关。IHC 和 RT-qPCR 表明 HNSCC 样本中 ADH7 和 RDH12 的表达明显低于对照。ADH7的高表达与HNSCC患者更好的DFS相关。

结论:miR-21-5p可能靶向ADH7、RDH12并参与调节视黄醇代谢,可能影响HNSCC的预后。ADH7 的高表达可能表明 HNSCC 患者的预后较好。

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