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4+生信分析文章:基于网络药理学-TCGA数据-转录组学分析的FZXJJZ汤通过VDR/TGF-β/Snail1信号通路抑制结直肠肝转移的机制

生信基础 管理员 233℃ 0评论

题目:The mechanism of FZXJJZ decoction suppresses colorectal liver metastasis via the VDR/TGF-β/Snail1 signaling pathways based on network pharmacology-TCGA data-transcriptomics analysis

杂志:J Ethnopharmacol

日期: 2022 年 4 月 6 日

Doi: 10.1016/j.jep.2021.114904. Epub 2021 Dec 21

4+生信分析文章:基于网络药理学-TCGA数据-转录组学分析的FZXJJZ汤通过VDR/TGF-β/Snail1信号通路抑制结直肠肝转移的机制插图

 

民族药理相关性: 扶正消积金盏(FZXJJZF)汤是治疗结直肠癌肝转移(LMCRC)的有效方剂。

研究目的: 阐明方剂解结方方治疗LMCRC的药理作用机制。

材料和方法: 首先,使用网络药理学方法来表征 FZXJJZF 对 LMCRC 的潜在靶点。其次,从公共数据库TCGA中获取LMCRC相关基因,通过R包工具Mfuzz对这些基因进行进一步筛选和聚类。然后,将网络药理学预测的FZXJJZF靶点与Mfuzz筛选的LMCRC相关基因重叠。同时,FZJZXJF干预LMCRC模型、上皮间质转化(EMT)以及HCT-116细胞的迁移和侵袭。第三,将FZJZXJF抑制EMT细胞的HCT-116细胞的转录组学数据与EMT数据库数据重叠,以缩小可能的靶点范围。基于此,通过将转录组学数据与网络药理学-TCGA的靶点相结合,推测了FZJZXJF的潜在靶点和信号通路。最后通过Real-Time PCR和Western Blot体外验证了FZXJJZF对LMCRC的抗癌机制。

结果: 通过网络药理分析,预测了FZXJJZF的282个成分和429个潜在靶点。TCGA 数据库中的 9268 个 LMCRC 相关基因被 Mfuzz 分类为 10 个簇。聚类趋势最相似的两个聚类基因与 429 个潜在靶点重叠,发现了 32 个基因,如 CD34、TRPV3、PGR、VDR 等。 HCT-116 的 EMT、迁移和侵袭也受到抑制。将转录组学数据与32个靶基因相交,推测VDR-TGF-β信号通路可能是FZXJJZF的有效机制。此外,显示FZXJJZF在体外上调VDR和E-cadherin的表达水平并下调TGF-β和Snail1的表达水平。

结论

综上所述,本研究通过整合网络药理学、TGCA数据库、转录组学对LMCRC的作用机制及FZJZXJF的可能靶点进行预测,并进一步进行实验验证,阐明了FZJZXJF抑制LMCRC的潜在机制。结果表明,FZJZXJF可能抑制LMCRC的迁移、侵袭EMT等表型,主要受VDR-TGF-β信号通路的调控。

此外,本研究结合网络药理学、TGCA数据库、转录组分析和实验验证,研究中药化合物的可能靶点和作用机制,为探索中药作用机制提供有力证据。

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