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TCGA生信分析可以怎么做:核糖体蛋白 S6 激酶 A4 (RPS6KA4) 的过表达预测肝细胞癌患者预后不良

生信基础 管理员 165℃ 0评论

题目:Overexpression of Ribosomal Protein S6 Kinase A4 (RPS6KA4) Predicts a Poor Prognosis in Hepatocellular Carcinoma Patients: A Study Based on TCGA Samples

杂志:Comb Chem High Throughput Screen

日期:2022 年 3 月 1 日

Doi:  10.2174/1386207325666220301105850. Online ahead of print

 

目的: 本研究旨在全面分析核糖体蛋白S6激酶A4(RPS6KA4),寻求肝细胞癌(HCC)的预后价值。

背景: 肝癌是世界范围内常见的肿瘤类型,HCC 约占所有原发性肝癌病例的 75% 至 85%。核糖体 S6 蛋白激酶 (RSK) 家族在细胞生长、运动、存活和增殖中起着重要的调节作用。

方法: 我们收集了癌症基因组图谱(TCGA)队列中 RPS6KA4 的表达和临床病理学特征,并评估了 RPS6KA4 在 HCC 中的预后价值。进行基因本体论(GO)/京都基因和基因组百科全书(KEGG)和基因集富集分析(GSEA)以确定RPS6KA4的富集途径。分析了RPS6KA4表达与免疫浸润的相关性。进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析以筛选中枢基因。

结果: 相对于正常组织,RPS6KA4 过表达在 HCC 中具有统计学意义(P < 0.001)。RPS6KA4 表达增加与 HCC 较高的 T 分期 (p=0.021)、病理分期 (p=0.006)、甲胎蛋白 (AFP) 值 (p=0.026) 和血管侵犯 (p=0.023) 相关。RPS6KA4 的过表达预测 HCC 的总生存期(OS,P=0.002)、疾病特异性生存期(DSS,P=0.012)和无进展间隔(PFI,P=0.031)更差。单变量/多变量 Cox 回归分析证实 RPS6KA4 是 HCC 的独立危险因素(单变量分析 P=0.002;多变量分析 P=0.014)。GO/KEGG 分析和 GSEA 分析表明,RPS6KA4 通过表观遗传学、细胞粘附、肿瘤驱动的 GTPase 途径、感染相关的致癌作用和适应性免疫在 HCC 中发挥癌前作用。免疫浸润分析证实 RPS6KA4 与 B 细胞、CD4+ T 细胞、巨噬细胞、中性粒细胞以及树突状细胞之间存在强烈的负相关关系。蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 分析和中枢基因鉴定揭示了 RPS6KA4 与 RSK、AP-2、网格蛋白和 MAPK/ERK 通路相关的促癌作用。

结论: RPS6KA4 是了解 HCC 肿瘤发生的潜在有价值的分子。增加的 RPS6KA4 可能是低 HCC 存活率的有希望的预后因素。

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