生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

2.89生信分析文章:m6A 甲基化生信可以这么做!

生信基础 管理员 188℃ 0评论

题目:Estimating the prognosis of esophageal squamous cell carcinoma based on The Cancer Genome Atlas (TCGA) of m6A methylation-associated genes

杂志:J Gastrointest Oncol.

日期:2022 年 2 月

Doi: 10.21037/jgo-21-686

2.89生信分析文章:m6A 甲基化生信可以这么做!插图

 

背景: N6-甲基腺苷 (m6A) mRNA 修饰在某些肿瘤中最为普遍。然而,其在人食管鳞状细胞癌 (ESCC) 中的表达谱和预后价值仍然未知。

方法: 在此,我们对 m6A 相关基因表达谱进行了广泛研究,并确定了其在 ESCC 预后中的意义。我们从癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库中收到了 81 个 ESCC 组织和一个正常食管组织的 RNA 表达谱。Kaplan-Meier (KM) 生存分析用于评估 m6A 甲基化相关基因表达在 ESCC 预后中的可预测性。此外,采用单变量和多变量 Cox 回归以及最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) 回归模型来建立预后特征。最后,使用 KM 生存分析、比例风险模型和接受者操作特征 (ROC) 曲线来验证预后价值。而且,PD-L1 ) 表达。

结果: 我们证明了YTHDF3 [风险比 (HR):0.910;95% 置信区间 (CI):0.832-0.995;P=0.038]、RBM15(HR:0.721;95% CI:0.549-0.948;P=0.019)、KIAA1429(HR:0.801;95% CI:0.664-0.967;P=0.021)和ALKBH5(HR:0.948; 95% CI:0.895-1.003;P=0.0.064)过表达可预测 ESCC 患者更好的总生存期(OS)。此外,根据预后因素,发现高风险 (HR) 队列的生存率低于低风险 (LR) 队列 (P<0.001)。

结论: 我们揭示了三个与 ESCC 患者存活率提高密切相关的 m6A 甲基化相关基因。此外,我们基于YTHDF3、RBM15、KIAA1429和ALKBH5基因的表达生成了独立的预后特征。结果显示,HR组 CD8 + T细胞比例显着升高,PD-L1表达升高。

转载请注明:智汇基因 » 2.89生信分析文章:m6A 甲基化生信可以这么做!

喜欢 (0)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址