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7+生信分析文章:影响因子7分+的TCGA泛癌分析

生信基础 管理员 144℃ 0评论

题目:Violations of proportional hazard assumption in Cox regression model of transcriptomic data in TCGA pan-cancer cohorts

杂志:Comput Struct Biotechnol J

日期:2022 年 1 月 7 日

Doi: 10.1016/j.csbj.2022.01.004. eCollection 2022

7+生信分析文章:影响因子7分+的TCGA泛癌分析插图

 

背景: Cox 比例风险回归 (CPH) 模型依赖于比例风险 (PH) 假设:变量的风险与时间无关。CPH 已被广泛用于识别转录组的预后标志物。然而,缺乏对转录组数据中 PH 假设的全面调查。

结果: 收集来自 The Cancer Genome Atlas 的 32 个队列和来自 Gene Expression Omnibus 的 3 个肺癌队列的 9,056 名患者的整个转录组数据,分别为每个基因构建 CPH 模型,以拟合总体生存率。平均 8.5% 的基因 CPH 模型违反了 TCGA 泛癌队列中的 PH 假设。在基因相互作用网络中,CPH模型中的枢纽基因和非枢纽基因都可能具有非比例风险。相同基因模型的 PH 假设违反在 5 个非小细胞肺癌数据集中不一致(所有 kappa 系数 < 0.2),表明基因 CPH 模型的非比例性取决于数据集。此外,在 CPH 中引入 log(t) 或 sqrt(t) 时间函数提高了基因模型在大多数肿瘤中的总体生存拟合性能。时间依赖性 CPH 改变了 31.9% 基因变量的对数风险比的显着性。

结论: 我们的分析结果表明,转录组数据中不应忽视非比例风险。引入时间交互项改善了 CPH 中转录组数据的非比例危害的性能和可解释性。

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