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2+生信分析文章:TCGA/GEO生信数据库快速发文

生信基础 管理员 124℃ 0评论

题目:A Bioinformatic Analysis of Immune-Related Prognostic Genes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma Based on TCGA and GEO Databases

杂志:Int J Gen Med

日期:2022 年 1 月 8 日

Doi: 10.2147/IJGM.S341801. eCollection 2022

2+生信分析文章:TCGA/GEO生信数据库快速发文插图

 

背景:肾透明细胞癌(ccRCC)是一种常见的肿瘤。通过更深入地了解肿瘤微环境中的免疫调节机制,免疫疗法可能成为癌症患者的潜在治疗方法。本研究旨在确定与生存相关的免疫细胞和中枢基因,它们可能是 ccRCC 免疫治疗的潜在靶点。
方法:ccRCC 患者的基因表达谱和临床数据是从 UCSC Xena 和 Gene Expression Omnibus (GEO) 数据库中提取的。Kaplan-Meier (KM) 生存和最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) 回归分析用于选择与生存相关的肿瘤浸润免疫细胞。利用多变量 Cox 回归来开发基于肿瘤浸润免疫细胞 (TIIC) 的特征。根据签名计算风险评分,然后将样本分为高风险组和低风险组。确定了两个风险组之间的差异表达基因(DEG)。进行功能富集分析,并使用 Cytoscape 的 cytoHubba 插件来识别中枢基因。利用多个数据集来验证这些中心基因,包括基因表达谱交互分析 (GEPIA)、UALCAN 和人类蛋白质图谱 (HPA) 以及 GEO 数据集。最后,进行相关性分析以评估中心基因与 TIIC 之间的关系。
结果:确定了四种免疫存活相关细胞,包括 T 细胞 CD4 记忆激活、T 细胞调节 (Tregs)、嗜酸性粒细胞和肥大细胞静息。鉴定了九个免疫特异性中枢基因,包括APOE、CASR、CTLA4、CXCL8、EGF、F2、KNG1、MMP9IL6。此外,这些枢纽基因与临床特征显着相关,并与一些 TIIC 密切相关。
结论:总之,使用 CIBERSORT 算法和回归分析确定了四种与生存相关的免疫细胞类型和九种与免疫相关的中枢基因。此外,这些候选中枢基因在临床数据集中得到验证,也可能作为 ccRCC 免疫治疗的新潜在靶点产生影响。

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