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5+TCGA生信分析文章:急性髓系白血病患者 lncrnas 预后风险模型

生信基础 管理员 185℃ 0评论

题目:DesA Prognostic Risk Model of LncRNAs in Patients With Acute Myeloid Leukaemia Based on TCGA Data

杂志:Front Bioeng Biotechnol

日期:2022 年 2 月 21 日

Doi: 10.3389/fbioe.2022.818905. eCollection 2022.

5+TCGA生信分析文章:急性髓系白血病患者 lncrnas 预后风险模型插图

 

目的:本研究旨在结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库中急性髓性白血病(AML)的临床数据,获取与预后相关的生物标志物,利用长链非编码RNA(lncRNA)构建AML的预后风险模型,帮助 AML 患者做出临床治疗决策。

方法:我们分析了从 TCGA 获得的 151 例 AML 患者的转录组信息,并提取了 lncRNA 的表达。根据突变频率将患者分为高突变组(基因组不稳定组,突变频率前25%)和低突变组(基因组稳定组,突变后25%)。“limma”R包用于分析两组lncRNA表达的差异,“survival”、“caret”和“glmnet”R包用于筛选与临床预后相关的lncRNA。随后,通过不同的方法构建并验证了预后相关的风险模型。

结果:根据TCGA中的lncRNA表达数据,我们发现7个lncRNA(即AL645608.6、LINC01436、AL645608.2、AC073534.2、LINC02593、AL512413.1和AL645608.4)与临床预后高度相关。因此,我们构建了基于 LINC01436、AC073534.2 和 LINC02593 的 lncRNA 预后风险模型。对差异表达的 lncRNA 相关靶基因进行基因本体论和京都基因百科全书和基因组通路分析,创建接收者操作特征(ROC)曲线,使用 TARGET 数据库评估模型在儿童中的适用性,并将模型外部使用 GEO 数据库进行验证。此外,在源自智人的各种 AML 细胞系中验证了 lncRNA 的不同表达模式。

结论:我们已经建立了一个可以预测 AML 患者生存的 lncRNA 预后模型。Kaplan-Meier 分析表明,该模型区分了高危和低危患者之间的生存差异。ROC 分析证实了这一发现,并表明该模型具有较高的预测精度。临床亚组的 Kaplan-Meier 分析表明,该模型可以独立于临床病理因素预测预后。因此,所提出的预后 lncRNA 风险模型可用作 AML 的独立生物标志物。

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