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4+TCGA生信分析文章:M6a 相关基因在 hnscc 患者中的预后价值

生信基础 管理员 250℃ 0评论

题目:The prognostic value of m6A-related LncRNAs in patients with HNSCC: bioinformatics analysis of TCGA database

杂志:Sci Rep

日期:2022 年 1 月 12 日

Doi: 10.1038/s41598-021-04591-z

4+TCGA生信分析文章:M6a 相关基因在 hnscc 患者中的预后价值插图

 

头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 是人类常见的癌症,是世界上第五大常见癌症。它约占全球新发癌症病例的 3%,占全球每年所有癌症死亡人数的 2% 。目前HNSCC患者的治疗策略包括手术、化疗、免疫治疗、放疗等。然而,通过这样的治疗,HNSCC 患者的生存结果仍不能令人满意。这种不良预后与局部浸润和颈部淋巴结转移有关;此外,HNSCC 患者的化疗耐药率和局部复发率很高. 据报道,HNSCC患者最重要的预后因素是疾病的临床分期(TNM分期);然而,同一阶段的患者的生存率是可变的,需要更多的预后标志物。迫切需要寻找新的预后生物标志物和治疗靶点来克服低 HNSCC 存活率。

N6-甲基腺苷 (m6A) 于 1974 年首次报道,m6A 修饰是真核生物中最丰富的内部修饰。m6A 修饰是一个可逆过程,涉及 m6A 调节剂,包括(“读取器”)m6A 结合蛋白、(“写入器”)腺苷甲基转移酶和(“擦除器”)m6A 去甲基化酶。先前的研究表明,m6A 修饰在多种癌症的肿瘤发生和肿瘤进展中起关键作用,包括肺癌、乳腺癌、急性髓性白血病和 HNSCC 。

LncRNA 是长度大于 200 个核苷酸 (nt) 的 RNA,具有 mRNA 的许多结构特征,但没有保守的开放阅读域。许多研究表明,异常表达的 lncRNA 在肿瘤中具有复杂而广泛的功能,包括 HNSCC 。虽然已知 m6A 修饰可以调节 RNA,包括 mRNA、tRNA、snRNA 和 lncRNA 。尽管 m6A 与各种癌症的发生和进展有关,但 m6A RNA 修饰尚未在 HNSCC 中得到广泛研究。中形成三元复合物促进癌症进展. m6A 结合蛋白在鼻咽癌中具有复杂的调节机制,尽管它们的确切作用鲜为人知。事实上,HNSCC 中 m6A RNA 修饰的确切机制甚至还不太清楚。未来有必要进一步明确m6A在头颈部肿瘤中的关键作用,全面了解肿瘤发生发展的机制,寻找更有效的干预措施和治疗途径。

在这项研究中,来自癌症基因组图谱(TCGA)数据集的癌症基因组图谱的 RNA 测序数据被用来估计 m6A 相关 lncRNA 对 HNSCC 患者预后的影响。我们通过在 Cox 单变量分析和最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) Cox 回归分析后选择 12 个 m6A 相关 lncRNA 来构建风险特征。然后,分析了风险特征在 HNSCC 患者中的预后作用。此外,我们使用构建的签名来探索免疫微环境与 m6A 相关 lncRNA 之间的关联。我们的研究旨在全面评估 m6A 相关 lncRNA 与 HNSCC 患者免疫微环境、预后和治疗效果的相关性。

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