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4+生信分析文章:TCGA甲基化预后模型分析思路

生信基础 管理员 254℃ 0评论

题目:A functional methylation signature to predict the prognosis of Chinese lung adenocarcinoma based on TCGA

杂志:Cancer Med

日期:2022 Jan

Doi:  10.1002/cam4.4431. Epub 2021 Dec 2.

4+生信分析文章:TCGA甲基化预后模型分析思路插图

背景: 肺癌是全球癌症发病率和死亡率的首要原因,但个体化治疗仍不能令人满意。DNA甲基化可以影响基因调控,可能是预测肺腺癌预后的最有价值的生物标志物之一。本研究旨在确定可用于预测肺腺癌预后的甲基化 CpG 位点。

方法: 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库检测与肺腺癌预后相关的甲基化CpG位点,构建甲基化特征模型。然后,进行了一个中国队列来估计甲基化与肺腺癌预后之间的关联。进一步进行了生物功能研究,包括去甲基化处理、细胞增殖能力和肺腺癌细胞系的基因表达变化。

结果: 在 TCGA 组中,选择了三个与肺腺癌预后相关的甲基化 CpG 位点(cg14517217、cg15386964 和 cg18878992)。基于三个甲基化位点水平,随着甲基化特征水平逐渐升高,肺腺癌患者的死亡风险增加(HR = 45.30,95% CI = 26.69-66.83;p < 0.001)。将年龄、性别和其他临床变量添加到预测模型的特征时,C 统计值增加到 0.77。在中国肺腺癌队列中也证实了类似的情况。在生物学功能研究中,用 5-aza-2′-deoxycytidine (5-aza-2dC) 对细胞进行去甲基化后,细胞系的增殖能力受到抑制。

结论: 本研究首次开发了基于三 CpG 的肺腺癌模型,该模型是一种实用且有用的预后预测工具,已在中国人群中得到验证。

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