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2+生信分析文章:如何利用SEER和TCGA数据库发文章?

生信基础 管理员 154℃ 0评论

题目:The Prognostic Significance and Gene Expression Characteristics of Gastric Signet-Ring Cell Carcinoma: A Study Based on the SEER and TCGA Databases

杂志:Front Surg

日期:2022 Mar 17

Doi: 10.3389/fsurg.2022.819018. eCollection 2022.

 

目的: 本研究基于监测、流行病学和最终结果 (SEER) 计划,探讨印戒细胞癌 (SRC) 和肠型胃癌 (ITGC) 之间的预后差异。该研究还基于来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的基因测序数据,以确定对两种胃癌亚型之间预后差异的独特遗传贡献。

患者和方法: 临床数据基于2004年至2015年的SEER数据库。Kaplan-Meier(KM)曲线用于比较5年总生存期(OS),Cox回归用于单变量和多变量分析。从TCGA数据库获得基因表达谱,并筛选差异表达基因(DEGs)。将进一步开展功能富集分析、蛋白质相互作用和生存分析。感兴趣的基因已通过人类蛋白质图谱、免疫组织化学和癌细胞系百科全书 (CCLE) 进行了验证。还通过肿瘤免疫估计资源 (TIMER) 分析了感兴趣的基因与免疫细胞浸润之间的关系。

结果: 与ITGC患者相比,SRC患者多为女性,更趋于年轻化,且肿瘤分布在胃中下部(p < 0.01)。SRCs在早期胃癌(EGC)中的预后明显优于ITGCs(p < 0.01),而SRCs的预后明显差于ITGCs( p< 0.05) 在晚期胃癌 (AGC) 中。与ITGCs相比,SRCs共筛选出256个DEGs,富集分析和蛋白质相互作用显示差异基因主要与细胞外基质组织有关。血小板反应蛋白1(THBS1)和丝氨酸蛋白酶抑制剂,进化枝E,成员1(SERPINE1)在SRC和ITGC之间有显着差异表达,这已通过免疫组织化学和开源数据库初步验证。THBS1 和 SERPINE1 也与胃癌中的多种免疫细胞浸润有关。

结论: SRC与ITGC在临床病理特征及预后方面存在显着差异。这些结果表明,SRC和ITGC可能是两种不同类型的肿瘤,具有不同的发病机制。我们在 SRC 和 ITGC 之间发现了许多共差异表达的基因和重要途径。THBS1和SERPINE1在两种胃癌中均有显着差异表达,可能具有潜在的重要功能。

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