生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

6+生信分析文章:基于GEO和TCGA数据库的肺鳞癌患者化疗前后免疫微环境挖掘

生信基础 管理员 435℃ 0评论

题目:Mining GEO and TCGA Database for Immune Microenvironment of Lung Squamous Cell Carcinoma Patients With or Without Chemotherapy

杂志:Front Oncol

日期:2022 Feb 8

Doi:  10.3389/fonc.2022.835225. eCollection 2022.

 

背景:化疗是肺鳞状细胞癌(LUSC)患者的主要治疗方法。然而,很少报道化疗如何影响他们的免疫系统。本研究旨在比较接受或不接受化疗的 LUSC 患者免疫微环境的差异。

方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得了总共 494 个 LUSC 样本。免疫细胞浸润采用ssGSEA算法评估,肿瘤亚型采用ConsensusClusterPlus分析。然后比较两种类型的肿瘤突变负荷(TMB)和临床信息的差异。此外,分析了两种类型之间的差异表达基因 (DEG),并在 GEO 数据库中验证了枢纽基因。

结果: TCGA中的LSCC样本分为三个亚型。然后,结合肿瘤亚型和免疫评分,将样本分为热肿瘤和冷肿瘤。无论LUSC患者是否接受化疗,与冷肿瘤组相比,热肿瘤组的生存期均未显着延长。对于接受化疗的LUSC患者,热肿瘤组的TMB值显着升高。两组之间共鉴定出 501 个 DEG。中枢基因CD19、CTLA4、FCGR3B、CD80、IL-10等的高表达也在 GSE37745 数据集中得到验证。

结论:化疗不影响LUSC患者的生存和预后,但显着提高热肿瘤患者的TMB值。DEGs,尤其是中枢基因,如CD19、CTLA4和FCGR3B,可作为区分 LUSC 中冷热肿瘤的生物标志物。

转载请注明:智汇基因 » 6+生信分析文章:基于GEO和TCGA数据库的肺鳞癌患者化疗前后免疫微环境挖掘

喜欢 (1)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址