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基因集泛癌生信分析,强势来袭!!高分必选!!

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本团队最近筛选到一些比较好的基因,需要对单基因泛癌生信分析做深入分析的请与本团队联系,先到先得。

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6.单基因干湿结合发4分SCI

7.单基因纯生信3.9分,两个月接收!

划重点:

对于基因集泛癌,难度系数比单基因泛癌高,需要技术和服务器支撑,最近也出来很多高分文章,分数可观,如下:

  1. Comprehensive analyses of m6A regulators and interactive coding and non-coding RNAs across 32 cancer types. Mol. Cancer. 2021 April. (IF:27.401)
  2. Pan cancer analyses reveal genomics and clinical characteristics of the melatonergic regulators in cancer. JOURNAL OF PINEAL RESEARCH. 2021 July. (IF:13.007)

  3. Pan-cancer analyses reveal regulation and clinical outcome association of the shelterin complex in cancer. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. 2021 Sep. (IF:11.622)
  4. The pan-cancer landscape of crosstalk between epithelial-mesenchymal transition and immune evasion relevant to prognosis and immunotherapy response. npj Precision Oncology. 2021 June. (IF:8.254)
  5. Pan-cancer association of HLA gene expression with cancer prognosis and immunotherapy efficacy. BRITISH JOURNAL OF CANCER. 2021 Aug. (IF:7.64)
  6. A pan-cancer analysis of the human tumor coagulome and its link to the tumor immune microenvironment. CANCER IMMUNOLOGY IMMUNOTHERAPY. 2021 April. (IF:6.968)

 

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您可以指定基因集的筛选条件,或者我们团队会帮您进一步筛选结果比较好的基因集推荐给您。接下来简单介绍一下我们团队基因集泛癌分析的一些内容。

1.对泛癌中所有的肿瘤进行差异分析,数据为TCGA+GTEx的结合,分析结果展示了通路中的基因在泛癌中的logFC和pvalue情况,红色为高表达,紫色为低表达,数值为基因对应的logFC。

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2. 在泛癌中,我们对通路中的基因进行单因素回归分析,分析结果展示了基因集在泛癌中对预后的影响,红色代表通路的基因在肿瘤中是风险因素,而蓝色代表通路的基因在肿瘤中是保护因素。 

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3.在泛癌中基因集基因之间的相关性,红色为正相关,蓝色为负相关。

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4.在泛癌中通路中基因变异分析结果,包括扩增,缺失,突变等等变异情况。

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5. 通路中的基因在泛癌中的基因突变情况,通路基因突变图谱,每一种肿瘤中基因突变差异的对比,图片左侧代表基因突变的比例,右侧代表突变的基因类型。

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6.通路中的基因在泛癌中的ssGSEA通路评分

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7.基因集评分与肿瘤分期的关系(包含不同肿瘤的分析结果)。

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8.通路score与每种肿瘤患者预后的关系,包括泛癌中所有的癌肿分别与OS,PFI的关系。

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9.通路中基因在每种肿瘤中与多种肿瘤经典通路评分的相关性分析。

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10.使用通路score进行GSVA富集分析,展示该通路和哪些通路相关。下面展示的是GSVA富集分析的泛癌相关性分析结果。通路中的基因泛癌相关GSVA通路富集分析。蓝色部分代表基因高表达组富集通路,绿色部分代表基因低表达组富集通路。

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11.estimate包评估肿瘤微环境的免疫分数和基质分数,并计算与通路score的相关性(与免疫评分强相关、基质评分、Estimate评分强相关)。

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12.免疫浸润分析,通路score在泛癌中与免疫细胞浸润的相关性。

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13.通路score与肿瘤突变负荷(TMB),微卫星不稳定性(MSI)的关系。

 

                  1.TMB         

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2.MSI

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13 通路score与免疫相关基因的关系,包括免疫检查点,免疫抑制基因,免疫激活基因,MHC基因,趋化因子和趋化因子受体等等。

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该通路的基因与免疫检查点显著相关。 

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您也可以指定特定的基因集,可以是一个通路、基因家族或者复合物等等,基因之间具有潜在的关联即可。您也可以指定基因集的筛选条件,或者我们团队会帮您进一步筛选结果比较好的基因集,如与免疫调节/耐药相关等等,适合发表文章以及后续课题申请

 

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