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Metascape:基因注释、生信富集分析、蛋白质互作分析

生信数据库 管理员 5428℃ 0评论

Metascape这个网站作图有多好?

http://www.metascape.org/

Metascape:基因注释、生信富集分析、蛋白质互作分析插图

官网图例

分析报告模仿科研论文的格式来展现分析结果,图文并茂,对生物学者极其友好;

报告中详细阐述了分析方法和图形的意义,而且图形都含可以发表的高清晰文件格式;

报告还提供了格式化好的 Excel 文件,许多文章直接使用它做 supplementary table;

自动生成的 PowerPoint 文件方便学者们交流结果;

所有的数据和图标文件都可以通过一个 Zip 文件包下载保存;

蛋白质网络文件格式还支持用第三方软件比如 Cytoscape 进行更加深入的分析。用户熟悉后也可以使用 Custom Analysis 按钮对更多的分析功能和参数予以调节。

这个强大的集基因注释、功能富集分析、蛋白质互作分析于一体的基因分析网站就是我们要安利的Metascape(http://metascape.org/)。它能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中,以实现对基因或蛋白功能的认知。

Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。Metascape 网站在文章发表之前就已经被 350 多篇论文引用,《自然》、《科学》、《细胞》等杂志大约三分之二的引用文章使用了 Metascape 生成的图表。可见,无论是个人使用还是发文章,Metascape都是适用的。话不多说,来展示一下Metascape的基本操作。

打开Metascape主页,页面左侧最明显的一块就是进行Express Analysis的区域。

01.提交基因列表

Metascape:基因注释、生信富集分析、蛋白质互作分析插图1

第一步是上传基因list,可以是文件,也可以是其他网站上(比如:NCBI)复制来的基因序列或名称或ID或结构,直接复制粘贴到下面的框。Metascape支持3种gene list提交格式:Excel表格,CSV格式与TXT文本格式。

注意:如果想将不同的list分别进行分析,则一定要勾选最上方的【Multiple Gene List】选项,否则Metascape会将多个list整合成一个list一起分析。

02.选择物种信息

Metascape:基因注释、生信富集分析、蛋白质互作分析插图2

03.Express Analysis

第三步:点击【Express Analysis】,在Analysis Report Page查收结果。

富集分析的柱状图

输入基因列表中富集项的条形图,以p值着色。

Metascape:基因注释、生信富集分析、蛋白质互作分析插图3

Gene Annotation 基因注释
Metascape Express Analysis流程默认的基因注释数据库:

Metascape:基因注释、生信富集分析、蛋白质互作分析插图4

基因功能聚类网络图

Metascape提供了蛋白质相互作用网络图,并采用MCODE算法对PPI网络进行聚类,识别其中的subnetwork,即潜在的蛋白复合体。 

Metascape会根据每个list富集到的通路和生物学过程,来分群和构建网络,在gene list富集到的term中,Metascape挑选出富集程度较高的,然后根据功能相关性聚成几类,并按照关联性和相似性来构建网络。图中用不同的颜色代表不同的类,颜色越深,表示富集到该类通路或生物学过程的基因数目越多。

Metascape:基因注释、生信富集分析、蛋白质互作分析插图5

总的来说,Metascape数据库的使用体验还是非常不错的,最主要的是网站更新较快,操作简单,图片好看又严谨实在,想做功能注释的小伙伴,可以把Metascape网站加入收藏夹以备后用了。

 

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