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DGIdb:药物基因相互作用数据库

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DGIdb数据库(Drug-Gene Interaction database),是一个药物-基因相互作用数据库,提供了基因与其已知或潜在药物关联信息,目前已经更新到4.0版本。里面的基因主要是癌基因,但是也有一些其他疾病(例如阿尔兹海默病、心脏病、糖尿病等)的相关基因。DGIdb一共有超过14000种药物-基因的相互作用,涉及2600个基因和6300个靶向这些基因的药物,还包括了6700个其他的基因,这些基因很有可能成为未来药物的靶标。

DGIdb

http://dgidb.org/

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图

接下来从三方面介绍DGIdb数据库的日常使用:

一、搜索药物-基因相互作用

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图1

DGIdb提供了两种类型的搜索方式,分别是“search Drug-Gene Interactions”和Search Potential Druggability”。

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图2

Search Interactions:

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图2

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图3

如图所示,在搜索作用模块,可以按基因或药物名称搜索药物-基因相互作用,右侧有筛选过滤方式,比如临床可行性、药物基因组、耐药性。还有高级的筛选,比如选择不同的数据来源、基因分类(如DNA修复的)、互动类型(如辅因子和诱导剂)。

我们输入一个基因的名字或许多基因的列表就能检索得到靶向它们的药物,比如输入基因FLT1,检索结果分为三部分如下:

Part 1 summary

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图4

提供了针对每一个基因的药物的名字和药物的细节,例如药物是一个抑制剂、抗体、疫苗还是其他类型。如果选择的话,搜索结果还能给出更多更深入的信息来源。

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图5

Part 2 interactions

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图6

如上,这里会列出不同药物对于该基因的互动得分,互动性质、互动信息(互动机制、是否直接互动、作用详细信息和PMID文章和资料来源)

点击该药后展示内容如下:

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图7

温馨提示:发现药物基因相互作用或潜在可药物治疗的类别不代表药物或治疗方案的有效性(或缺乏有效性)。没有相互作用或没有潜在可药物治疗类别的发现也不一定表示缺乏任何药物或治疗方案的有效性。药物-基因相互作用或潜在药物类别得分未按潜在或预测功效的排名顺序显示。

Part 3 Claims

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图8

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图2

Search Druggable Gene Categories

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图2

我们还可以选择第二种搜索策略,在药物基因类别中搜索基因,输入基因list如下:

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图9

搜索结果如下:

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图10

右边上方可以点击下载TSV文件,也可以进行勾选或取消matches ,左上方的By Category会换成表格形式展示:

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图11

Categories包括KINASE、DRUGGABLE GENOME、CLINICALLY ACTIONABLE等、点击KINASE可以看到对应的gene。

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图12

点击绿色文本会转入Source:

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图13

还有基因和药物-基因相互作用记录:

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图14

二、浏览药物-基因互作信息

 

浏览药物基因互作信息和搜索时一样,有两种途径,一个是按分类,另一个是按来源。

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图2

按分类浏览

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图2

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图15

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图16

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图2

按资源来源浏览

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图2

(类别、药品、基因、相互作用)

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图17

三、下载资料

数据库除了提供常用数据下载之外,还有数据源代码,给需要深度研究的同学提供了资源。

DGIdb:药物基因相互作用数据库插图18

总的来说,DGIdb可以帮助研究者注释已知的药物基因相互作用和潜在的药物可及性相关的基因,使用起来非常简单友好,强烈推荐。

References:

1.Sharon L Freshour, Susanna Kiwala, Kelsy C Cotto, Adam C Coffman, Joshua F McMichael, Jonathan J Song, Malachi Griffith, Obi L Griffith, Alex H Wagner, Integration of the Drug–Gene Interaction Database (DGIdb 4.0) with open crowdsource efforts, Nucleic Acids Research, Volume 49, Issue D1, 8 January 2021, Pages D1144–D1151, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1084

2.Integration of the Drug–Gene Interaction Database (DGIdb 4.0) with open crowdsource efforts. Freshour S, Kiwala S, Cotto KC, Coffman AC, McMichael JF, Song J, Griffith M, Griffith OL, Wagner AH. Nucleic Acids Research. 2020 Nov 25; doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1084. PMID: 33237278

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DGIdb:药物基因相互作用数据库插图19

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