生信学习,咨询,代做,请关注公众号:生信风暴。或添加客服微信:ShengxinBoss1

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库

生信数据库 管理员 235℃ 0评论

今天介绍的是一个被称为传统中药百科全书的数据库–ETCM。ETCM全称是The Encyclopedia ofTraditional Chinese Medicine,在2018年上线,数据库中收录了402种中草药、3959个药方、7284种有效成分,此外还收录了中草药有效成分可能靶向的基因靶标2266个,及相对应的4323种疾病。

ETCM包含有关常用草药和中药配方及其成分的全面和标准化信息。为了弄清中药的功能和机理研究,ETCM还提供了中药成分,草药和配方的预测靶基因。ETCM中还开发了系统分析功能,使用户可以探索中药草药,配方,成分,基因靶标以及相关途径或疾病之间的关系或建立网络。同时,数据库提供了系统分析的方法和结果,方便你对中药进行深入了解。所以,这个数据库把你对中药、靶分子、功能、疾病的疑惑系统地弄清楚,是没问题滴。

ETCM

http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图

上图就是ETCM的主页,在正中的搜索框输入我们想了解的重要即可得到详细信息。搜索框下面不同的颜色方块对应不同的数据区分别为Herbs、Formulas、Ingredients、Targets、Diseases、systematic analysis,以下进行详细介绍。

一、SEARCH

下图是搜索步骤:

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图1

(网站今天貌似出了点问题,搜不出结果,所有就不示例演示啦,客官老爷们请见谅~)

二、Herbs

在首页点击Herbs,进入的界面首先展示的是草药的数据组成和属性和这里可以浏览草药的基本信息:

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图2

往下拉可以看到一个草本中药的表格,右上角有搜素、更新、下载的按钮。表格分别展示了草药对应的中文、拼音、草药类型、草药性质、草药经络、味道。

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图3

通过单击草药名称可浏览草药的详细信息,结果分为基本信息、识别码、中药材、药理、互相引用、互作网络几个部分,右边还有一个导航栏。

Part 1 BASIC INFORMATION

这里主要是草本的基本信息:如中文名字、拼音、类型和中英文说明,比如在类型里面就说到甘草是菊科。

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图4

Part 2 IDENTIFICATION

这部分主要是介绍草药的一些基本特征,如甘草生长的地方,出现的样子形状,采摘方法,处理方式,以及组成。

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图5

Part 3 TCM PROPERTIES

这一部分说的是中药材的属性,比如属温性or凉性药材,味道,发挥的经络。

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图6

Part 4 PHARMCOLOGY

接下来介绍的是药理,包括适应症、候选靶基因、GO富集分析和通路富集分析。

适应症、候选靶基因:

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图7

艾叶候选目标基因的功能富集分析:

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图8

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图9

艾叶候选目标基因的途径富集分析:

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图10

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图11

Part 5 CROSS-REFERENCES

这里展示的是数据库交叉引用、草药相关疾病、含有草药的配方。

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图12

Part 6 INTERACTION NETWORK

这一部分展示的就是互作网络:生信分析的标配。点击后就能看到艾草的靶向基因的信号通路分析图已经自动生成了。

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图13

放大以后:

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图14

当然,除此之外还有配方、成分、靶基因、疾病、疾病相关的草药和配方专库,在主页下面有链接,直接点击就可看到,这里就不一一介绍了,本期内容就到这里,希望今天的介绍对大家有帮助哟~

References:

Xu HY, Zhang YQ, Liu ZM, Chen T, Lv CY, Tang SH, Zhang XB, Zhang W, Li ZY, Zhou RR, Yang HJ, Wang XJ, Huang LQ. ETCM: an encyclopaedia of traditional Chinese medicine. Nucleic Acids Res. 2018 Oct 26. doi: 10.1093/nar/gky987.

往期回顾:
最强攻略1:史上最全单细胞数据库汇总解读
最强攻略2:史上最全非编码RNA数据库汇总解读
最强攻略3:史上最全外泌体数据库汇总解读
最强攻略4:史上最全甲基化表观调控数据库汇总解读
最强攻略5:史上最全转录调控数据库汇总解读

有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库插图15

转载请注明:智汇基因 » 有没有这样一个数据库,能够系统地把中药、靶分子、生信功能、疾病,说的明明白白?–ETCM数据库

喜欢 (12)
发表我的评论
取消评论
表情

Hi,您需要填写昵称和邮箱!

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址