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TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库

生信数据库 管理员 161℃ 0评论

miRNA是重要的转录后基因表达调控因子,并在各种生物学过程中发挥关键作用。据报道,miRNA的异常调控与多种疾病的发生和发展有关,包括癌症,心血管疾病等。但是潜在的机制仍然难以明确,部分原因是转录因子(TF)-miRNA调控的数据是比较缺乏。这个时候,TransmiR数据库就显得十分重要了。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图

不同物种中文献记载的TF-miRNA调控数据分布

TransmiR是收集转录因子(TF)-microRNA(miRNA)的数据库,通过它我们可以找到TF和miRNA之间的调控关系。TransmiR从1045个出版物中手动整理了2852个TF-miRNA条目,并包括了源自ChIP-seq的TF-miRNA数据。目前,ransmiR v2.0包含3,730个文献策划的TF-miRNA法规,涵盖约623个TF,约785个miRNA,19种生物和1,349种出版物。此外,还提供了来自5种物种的ChIP-seq证据得出的1,785,998 TF-miRNA信息,详细注释了所有TF-miRNA内容,还包括来自miRNA目标数据库TarBase和miRTarBase的经过实验验证的miRNA-TF反馈信息。

TransmiR

http://www.cuilab.cn/transmir

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图1

以下从5个部分进行介绍TransmiR的使用:

01 SEARCH

这里可以通过miRNA或TF名称搜索数据库中的数据。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图2

在搜索框我们可以看到TransmiR v2.0提供了非常多的物种,接下来还可以选择转录因子和microRNA的+全名/部分名(即分别为精确模式和模糊模式)。然后可以将搜索关键字(TF或miRNA名称)输入到相应的空格提交查询即可。

本次以搜索转录因子ZEB1为例,返回内容如下:

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图3

可以看到,每个“搜索”结果将返回包括以下九个项目的条目,结果支持下载。各列对应内容如下:

(1)TF名称-转录因子详细信息的链接

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图4

(2)miRNA名称-指向miRNA详细信息的链接;

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图5

(3)TSS-microRNA基因转录起始位点;

(4)TF结合位点-从ChIP-seq数据得出的TF结合位点的基因座标;

(5)动作类型-指示管制类型:激活或抑制(当动作类型不清楚时,显示为“管制”)。对于每个条目,如果TF证明是它调节的miRNA的靶基因,则添加“(反馈)”。此类反馈miRNA-TF法规源自TarBase或miRTarBase中经过实验验证的miRNA靶基因;

(6)SRAID / PMID-PMID链接到PubMed中的参考文献(用于文献管理法规),或SRA ID(用于ChIP-seq衍生法规);

(7)证据-TF-miRNA调控的可信度,包括1级,2级和文献资料。所有文献策划的TF-miRNA法规均注释为“文学”。基于所用启动子区域注释的可靠性,我们将源自ChIP-seq的TF-miRNA法规分为1级和2级(高通量实验数据支持2级启动子,请参阅常见问题解答中的Q.9。);

(8)组织-产生ChIP-seq数据的组织;

(9)种类-TF-miRNA调控的种。

02 Network

这里方便我们以网络图的形式可视化TF-miRNA调控数据。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图6

比如要浏览与一种miRNA相关的TF-miRNA调控网络,首先要单击“ miRNA”展开树结构,然后选择物种并选择感兴趣的特定miRNA,如下图。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图7

每个TF-miRNA调控网络均由TF和miRNA作为其节点,而TF-miRNA调控和miRNA-TF调控则为其边缘。在网络视图中,可以用鼠标拖动节点,可以使用“ Ctrl +鼠标滚轮”操作放大/缩小。Firefox,Safari,IE9和Chrome浏览器都可以显示TF-miRNA网络。

03 ENrichmentanalysis

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图8

如果你有一个miRNA列表,并且想要找到对它们进行过度修饰的TF,来这里就对了。首先,将miRNA列表输入或粘贴到文本框中,也可以单击“ Example”按钮以加载示例miRNA列表。其次,设置miRNA类别的大小,这种选择将miRNA类别的大小限制在一定范围内。第三,选择最低的置信度,2级数据仅限于实验数据支持的miRNA启动子,如果您希望更好的严格性但对分析结果的覆盖较少,则应选择“设置级别2”选项。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图9

示例如上,填写好以后单击“run”按钮以提交查询。最后我们可以在新的表格页面中浏览富集分析的结果,其中显示了miRNA类别(即调节TF)和相关的统计信息(P值,Bonferroni,FDR等)。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图10

04 predict

这里可以基于人的TF的结合基序矩阵查询预测的TF-miRNA调控,这一模块提供了通过转录因子和microRNA的全名/部分名(分别为精确模式和模糊模式)查询预测结果的功能。

指定输入类型(TF或miRNA)和搜索模式(精确或模糊),然后可以将搜索关键字(例如“ ZEB1”)输入到相应的空格并提交查询。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图11

每个“搜索”结果将返回包括以下八个项目的条目:TF名称、miRNA名称、TSS(miRNA的转录起始位点)、TF结合位点、动作类型-指示管制类型:管制(对如果TF证明是它调节的miRNA的靶基因,则添加“反馈”。此类反馈miRNA-TF法规源自TarBase或miRTarBase中经过实验验证的miRNA靶基因)、证据-(TF-miRNA调控的置信度,包括1级和2级)、得分(每个结合位点的原始得分)、Z分数。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图12

05  download

TransmiR可以下载基于文献的不同种类的TF-miRNA调控数据、不同物种的所有证据水平的TF-miRNA调控数据。

TransmiR:转录因子-miRNA调控专用生信数据库插图13

综合来说,TransmiR=还是十分有趣的。除了查询和预测转录因子-miRNA外,和其他的转录因子数据库相比有netwok和富集分析模块,它显示了每个TF和miRNA或特定疾病的TF-miRNA调控规则,和预测可能调节感兴趣的miRNA列表的TF。

References:

Wang J, Lu M, Qiu C, Cui Q. TransmiR: a transcription factor-microRNA regulation database.Nucleic Acids Res. 2010, 38 (Database issue):D119-22.

Tong Z, Cui Q, Wang J, Zhou Y. TransmiR v2.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D253-D258.

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