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Drugbank:最强大的综合性网络药理学数据库

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DrugBank数据库是阿尔伯塔大学将详细的药物数据和全面的药物目标信息结合起来,真实可靠的生物信息学和化学信息学数据库。DrugBank包含13791种药物条目,其中包括2653种经批准的小分子药物、1417种经批准的生物技术(蛋白质/肽)药物、131种营养品和6451种实验药物。此外,5236个非冗余蛋白(即药物靶标/酶/转运体/载体)序列与这些药物条目相关联。每个DrugCard条目包含200多个数据字段,其中一半用于药物/化学数据,另一半用于药物靶标或蛋白质数据。

总的来说,DrugBank的角色主要有两个:

临床导向的药品百科全书。DrugBank能够提供关于药品,药品靶点和药物作用的生物或生理结果的详细、最新、定量分析或分子量的信息。

化学导向的药品数据库。提供计算机检索药物、药物“复原”、计算机检索药物结构数据、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物靶点预测功能。

DrugBank

https://go.drugbank.com/drugs/

 

Drugbank:最强大的综合性网络药理学数据库插图

接下来看看如何使用这个数据库吧。

一、

Search 搜索

从主页面我们可以看出,检索方式有两种,一种是专门的search模块,一种是主页快速搜索。

Search模块给出的搜索模式很丰富(包括但不限于化学机构、分子量、药理学的专业搜索),如下:

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其中Chemical structure允许用户绘制(使用Marvin Sketch小程序或Chem Sketch小程序)或写下(SMILES字符串)化合物,右侧可以设置检索相似值等,对结构式进行模糊检索,可以找到与目标结构式相近的药物。

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主页的搜索包括四种,分别为“Drugs(药品名)”、“Targets(靶点)”、“Pathways(作用途径)”、“Indications(适应症)”,由于篇幅的原因,以下对Drugs进行介绍吧。

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这里我们以DRUGBANK的热门药物“Morphine”吗啡为例进行搜索,点击enter,结果如下:

01

 IDENTIFICATION

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这里可以看到对药物的名称、描述、类型、结构体同位素、化学式等内容,比如这里描述说到吗啡是鸦片的主要生物碱,于1805年首次从罂粟种子中获得。是一种有效的止痛药,尽管由于耐受性,戒断和滥用风险而受到限制。吗啡在1941年获得FDA批准。

02

PHARMACOLOGY

第二部分PHARMACOLOGY说到的就是药理。药效学、作用机理、吸收性、分布量、蛋白质结合、代谢、消除途径、半衰期、清除率、毒性、通路、药物基因组效应/ ADR ,详细列出。

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Drugbank:最强大的综合性网络药理学数据库插图6

03

INTERACTIONS

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这部分会给出吗啡在使用过程中和其他药物的互相作用和后果展示,以及一些食物的禁忌。

04

PRODUCTS

这里会展示药物的产品,比如这里吗啡的产品成分、产品图片品牌、处方产品、通用处方药、混合产品等。

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05

CATEGORIES

CATEGORIES会给出ATC代码和药品类、化学分类。

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06

CHEMICAL IDENTIFIERS

化学标识符:

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07

参考文献

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后面还有临床试验、药物制造各大公司集团、价格以及专利的介绍,靶点等等,在结构栏可以看到,详细内容这里不再一一列出。

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相信大家已经能够感受到,利用好DrugBank的搜索工具,能方便我们检索到新的药物靶目标、比较药物结构、研究药物机制以及探索新型药物。

二、

Browse 浏览

浏览模块可以让我们选择小分子药物或者生物技术药物,筛选项包括是否批准(Approved)、保健品(Nutraceutical)、违禁药(Illicit)、研究药物(Investigational)、撤回药物(Withdrawm)、实验药物(experimental)。最重要的是,很多药物在各个国家的使用情况是不一样的,因此,DrugBank提供了药物使用地分组,可以选择属于美国,加拿大还是欧洲的市场。

Drugbank:最强大的综合性网络药理学数据库插图13

浏览的机构根据药物的名称、重量、结构体和药物描述以及分类目录进行展示,示例如下:

Drugbank:最强大的综合性网络药理学数据库插图14

点击药物后展示如下(和搜索结果基本一致),在我们有目的地寻找药物相关内容时,可以根据左侧点击不同进行针对性查看。

Drugbank:最强大的综合性网络药理学数据库插图15

三、

 Download 下载

Drugbank支持下载所有的药物信息,但是要先注册账号。不同内容下载格式不同:完整版是xml,结构体是SDF,外部链接的数据是CSV格式,蛋白质标识符是CSV,目标序列是FASTA。

Drugbank:最强大的综合性网络药理学数据库插图16

PS:蛋白质识别符包括UniProt和PDB等资源的外部ID。这些下载首先按蛋白质/化合物类型(靶标,转运蛋白等)划分。其次,它们按毒品类别(批准的,非法的等)划分。每个档案包含2个文件:一个用于所有靶标/酶/转运蛋白/载体,一个仅带有标记为的文件pharmacologically active(与至少一种相关药物的作用机制直接相关)。导出CSV文件中的每一行还包括一连串的DrugBank药品ID(以分号分隔)的列表作为最后一列。

借助Drugbank 数据库,可以帮助我们尽快的熟悉疾病相关药物的信息,查看相应的成分、产地和价格,筛选所需药物,为下一步实验进行仿制药or新药的研发或者相关研究都有一定的帮助。以上就是本期内容,祝大家使用愉快~

References

Wishart DS, Feunang YD, Guo AC, Lo EJ, Marcu A, Grant JR, Sajed T, Johnson D, Li C, Sayeeda Z, Assempour N, Iynkkaran I, Liu Y, Maciejewski A, Gale N, Wilson A, Chin L, Cummings R, Le D, Pon A, Knox C, Wilson M. DrugBank 5.0: a major update to the DrugBank database for 2018. Nucleic Acids Res. 2017 Nov 8. doi: 10.1093/nar/gkx1037.

往期回顾:
最强攻略1:史上最全单细胞数据库汇总解读
最强攻略2:史上最全非编码RNA数据库汇总解读
最强攻略3:史上最全外泌体数据库汇总解读
最强攻略4:史上最全甲基化表观调控数据库汇总解读

Drugbank:最强大的综合性网络药理学数据库插图17

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