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PubChem:有机小分子生信活性数据库

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试问分子数据库哪家强?小斯首推PubChem~

PubChem,有机小分子生物活性数据,是一个生环化材中应用分子的数据模型库,它是由美国国家健康研究院支持,美国国家生物技术信息中心(NCBI)负责维护的一款实用查询网站。NCBI可供免费检索的数据库很多,之前公众号介绍的GEO数据库也是NCBI

PubChem里面包含了大量分子材料的理化性能介绍,而且对应每个有机分子的应用都能够追根溯源到较为全面的文献报道,生物医药和生化交叉领域的科研人员尤为青睐。我们可以按名称,分子式,结构和其他标识符搜索化学物质来查找化学和物理性质,生物活性,安全性和毒性信息,专利,文献引用等等。可供检索的化合物有11100万种,物质28700万种,生物活性27300万种、相关文献3200万篇、专利250万种。

PubChem

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图

PubChem数据库包括 3个子数据库(可集成在一起检索,也可以单独检索):

PubChem BioAssay (化合物)–用于存储生化实验数据,实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献;

PubChem Compound (物质) –用于存储整理后的化合物化学结构信息;

PubChem Substance (生物检测剂)–用于存储机构和个人上传的化合物原始数据。

PS:习惯使用PubChem Entrez的用户,在新的PubChem主页搜索时可以勾选指向Entrez的链接。

仔细看的话,PubChem还提供提供以下检索方式:物质名称、分子式、各类代码(如CAS登记号)等进行检索。

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图1

当我们拿到的是一个中间体结构无法进行名字和 CAS 搜索的时候可以根据进行相似结构搜索或者子结构搜索,或者利用Draw Structure画出来:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图2

下面以搜索分子式C9H8O4为例:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图3

给出1137个结果,选择第一个结果阿司匹林的内容如下,最先展示的有PubChem CID、结构体、化学安全、分子式、同义词、分子量。

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图4

不了解阿司匹林的可以看提供的注释:阿司匹林是口服非甾体类抗炎药。乙酰水杨酸与环氧合酶中的丝氨酸残基结合并使其乙酰化,从而导致前列腺素的合成减少,血小板聚集和炎症。该剂具有止痛,解热和抗凝特性。

如上图,在右侧我们可以选择内容列表,里面包括化合物的 2D 和 3D 结构物理性质、化学性质以及安全信息。更重要的是能查询到与化合物相关的文献和专利,该功能能迅速且全面地让我们了解该化合物的背景知识,具体15个内容如下:

01 Structures结构:

依次为2D Structure、3D Conformer、Crystal Structures:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图5

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图6

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图7

02 名称和标识符:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图8

03 化学和物理性质:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图9

04 光谱信息:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图10

当材料经过NMR、MS等有效表征后,就可以参照标识峰位解谱。

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图11

05 相关记录: 

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图12

06 化学供应商: 

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图13

07 药品信息:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图14

08 食品添加剂和成分:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图15

09 药理和生物化学:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图16

10 使用和制造:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图17

11 鉴定:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图18

12 安全和危害:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图19

13 毒性:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图20

14 相关疾病:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图21

15 相关文献:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图22

16 专利:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图23

17 生物分子相互作用和途径:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图24

18 生物测试结果:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图25

19 分类:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图26

20 信息源:

PubChem:有机小分子生信活性数据库插图27

以上就是PubChem搜索分子式时会提供的内容,非常多啊。PubChem可以查看大量的化学结构,分子或药物的生化实验数据、化合物化学结构信息、合物原始数据。除Web界面外,PubChem还通过编程服务和FTP下载提供直接数据访问,可以挖掘的信息还很多。

References

Kim S, Chen J, Cheng T, et al. PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D1388–D1395. doi:10.1093/nar/gkaa971

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PubChem:有机小分子生信活性数据库插图28

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