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miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库

外泌体数据库 管理员 185℃ 0评论

非编码RNA在调节各种生物过程中起重要作用,并已显示出作为基于组织分类和预后标志物的希望。在血清,血浆,唾液,尿液和其他体液中的细胞外非编码RNA与各种病理状况有关。非编码RNA以高度稳定的细胞外形式在血液中循环,因此它们可用作基于血液的生物标记。miRandola是对各种细胞外循环非编码RNA类型进行全面的人工分类的数据库。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图

miRandola第一版与最新版本的比较

miRandola数据库2017已经更新到第二版,目前314条3283个条目,7种细胞外RNA形式,1002个microRNA,12个长非编码RNA,8个环状RNA,25种药物,14种生物和动物模型,197种疾病和细胞系,47个样本,最重要的是Vesiclepedia和ExoCarta miRNA数据整合。miRandola旨在成为无创生物标志物的综合数据库,其中也包括其他生物标记,例如细胞外DNA和循环肿瘤细胞。

miRandola

http://mirandola.iit.cnr.it/

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图1

接下来从五个方面介绍一下怎么充分利用miRandola的数据:

01 BROWSE

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图2

我们单击特定数据类型(如microRNA),miRandola会使用过滤和分页功能浏览内容。单击特定的microRNA(在此示例中为 bta-let-7),将看到有关数据库中条目的更多详细信息。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图3

详细信息包括有关目标RNA的信息,疾病,样品类型,细胞外RNA形式(比如外泌体),分离和定量RNA的方法,实验描述/结果,生物,RNA表达,药物和其他数据的信息。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图4
miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图5

点击Circular RNA,可以看到circRNA from literature所对应的circRNA accession、Organism,这里点击hsa_circ_0002454,会转到CircBase关于hsa_circ_0002454的信息。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图6
miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图7

还有外泌体,细胞外RNA内容:

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图8

可以点击不同的exRNA forms ,外来体包括Ago2、circulating、exosome、HDL、membrane vesicle、microparticle、microvesicle。我们点击membrane vesicle,搜索到了58个外囊泡,结果展示了RNA类别、miRBase ID、潜在的生物标志物、exRNA形式、样品、样本来源、疾病,细胞系或正常状态、实验说明/结果,这都是从每一个相关的文章里面摘出来的。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图9

这里展示的是肿瘤来源的外泌体的Microrna标记作为卵巢癌的诊断生物标记情况。

02 SEARCH

miRandola的SEARCH可以搜索特定的RNA,疾病或样品,也可以合并两个感兴趣的术语,比如RNA名称和疾病类型(hsa-miR-21和前列腺癌)都限定。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图10

以hsa-miR-21进行搜索,展示结果如下:

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图11
miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图12

这是hsa-miR-21在的文章信息,包括细胞外形式,和浏览区展示的内容相差不大。

03 Tools

miRNA Converter

在这里,miRandola会显示最近5个版本(从版本17到21,最后一个版本)中人类miRBase ID的演变。此注释很有用,因为其他基因表达平台均基于旧的miRBase版本,而旧出版物也是使用了这些ID。通过这个对照,我们可以从文献和ID的最新版本中获得成熟的miRNA ID。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图13

Visualizations

这里miRandola中不同数据类型的图形表示。点击不同颜色,会进入对应的数据list进行浏览。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图14

下面这个是对不同肿瘤类型的Circos plot ,通过这张图可以找到代表最具代表性的肿瘤类型所共有的RNA的疾病网络,单击疾病名称以查看完整数据。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图15

还有代表RNA疾病共存的热图,热图中的值是miRandola中的条目。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图16

04 Articles in the database

如果你好奇数据库中的文章,也可以在Articles in the database这一模块看到对应的作者、标题、文献、发表日期和Pubmed ID。

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图17

05  Download

可以下载完整的数据库或单个文件(miRandola v 02/2017)。文本文件包含以下字段:RNA(例如hsa-miR-21),RNA_class(例如miRNA),miRBase_Last_Version(miRBase的最新更新版本;例如hsa-miR-21-5p),miRBase_accession,更多内容可见下图:

miRandola:细胞外循环miRNA生信数据库插图18

以上就是对miRandola数据库的介绍,我们下期再会~

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