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RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库

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m6A是mRNA上最丰富的甲基化修饰,是RNA中腺嘌呤(A)上第6位N原子上的甲基,主要存在于mRNA的CDS区和3‘UTR区,影响mRNA的稳定性,翻译效率,可变剪接和定位等。此外,长非编码RNA以及microRNA等非编码RNA也存在m6A位点。

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图

RMVar数据库提供的服务

RMVar,以前叫m6AVar,不知道什么时候改了名字,名字虽改,提供的核心服务是不变的。这款数据库是中山大学生科院任间教授及中山大学肿瘤防治中心左志向教授共同开发的。主要收集了影响m6A修饰的相关变异。m6A相关变异来源于3种不同的数据,包括miCLIP/PA-m6A-seq实验(高可信度),MeRIP-Seq实验(中可信度)和全转录组预测(低可信度),也整合了与变异相关的RBP结合区、miRNA-靶点和剪接位点,以帮助用户研究m6A相关变异对转录后调控的影响。m6AVar包含几种最常见的RNA修饰,包括m6 A,m 6 Am,m 1 A,ψ,m 5 C,2′-O-Me和m 7 G,5-甲基尿苷m5U,A至I。还整合了来自全基因组关联研究(GWAS)和ClinVar的数据,所以m6AVar也可为研究m6A相关变异和疾病间的关系提供支持。

RMVar

http://rmvar.renlab.org/

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图1

接下来主要从三个功能进行介绍RMVar。

01

搜索

网站首页如上,我们通过下面的快速搜索框搜索相关信息(功能等同于导航栏Search模块),包括SNP的RsID 、基因、区域、疾病。下拉菜单有RsID, Gene, Region和Disease可供选择,我们以基因为例,比如:搜索框中输入“SOX4”,点击“Search”,呈现结果如下:

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图2

用户可以点击列名对结果进行重新排序,也可以在右上方的搜索框过滤检索出来的结果。可以看到网站预测到的该基因的甲基化位点是人的。我们可以针对来源可信程度高的预测位点进行查看,在转录组调控栏中,可以看到RBP的数目,RBP表示可能与该位点结合的RNA结合蛋白,如果点击variant列下,会转入ncbi对该变体的基因概况,点击“Detai”则查看variant的详细信息,包括哪些蛋白可能与之结合。详细如下:

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图3

m1A的基本信息:RMVar_ID_68577

可视化效果如下:

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图4

自上而下,分别为RMVar_ID_68577中的SNP、RBP结合区中与m1A相关的SNP(展示与之结合的蛋白)、RBP结合区中与m1A相关的SNP。

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图5

02

Browse-浏览

在Browse模块,可以根据RNA Modification Type、Species进行选择,物种包括了人和小鼠。这里选择的m6A,物种选的是人。

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图6

展示结果包括了资源,最新的更新时间,种类和引用注释,和置信度,m6A号,以及变体编号。往下拉会看到马戏团图,从里到外,三个圆圈代表高置信度,中置信度和低置信度RM相关变化,橙色代表功能丧失,绿色代表功能增益。

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图7

下面的过滤筛选栏可筛选出你感兴趣的SNP。如果你正在研究lncRNA、piRNA、miRNA等等,就可以将m6A修饰通过SNP联系起来,m6A修饰改变了,那么下游的功能、表型都可能会受到影响。

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图8

下图右边的箭头里有多个选项,可以辅助大家根据自己的目的更方便、准确地筛选相关的SNP。

03

Dowlaod

最后,我们可以下载相关疾病的数据,可以用来设计关联研究或功能验证文章,里面的信息包括了m6A甲基化的位置、基因名-转录本名-基因类型、样本信息、m6A的功能和SNP的信息。

RMVar:m6A修饰相关甲基化生信数据库插图9

以上就是本期内容,完结撒花~

References:

Xiaotong Luo, Huiqin Li, Jiaqi Liang, Qi Zhao, Yubin Xie, Jian Ren, Zhixiang Zuo, RMVar: an updated database of functional variants involved in RNA modifications, Nucleic Acids Research, ,gkaa811, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa811

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