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m6A-Atlas:m6A甲基化综合型生信数据库

生信数据库 管理员 291℃ 0评论

导语

m6A是mRNA和lncRNA上最普遍的RNA修饰,也是哺乳动物中最显著的RNA修饰。它在各种生物学过程和疾病发病机理中起关键作用。最近的研究表明,m6A在包括病毒感染,压力,热休克和DNA损伤内部的各种生物过程中起着关键作用,并调节多种分子功能,例如RNA-蛋白质互作,RNA稳定性和翻译效率等。变量,m6A失调与多种疾病有关,包括多种癌症,例如白血病和神经胶质瘤。

今天所介绍的m6A-Atlas是一个全面高可信度数据库,专门用于解读m6A表观遗传组,m6A-Atlas具有可靠的m 6 A位点和定量表观转录组谱的高可信度集合。它还提供了保护,转录后机制的位点,假定的生物学功能和单个m 6 A位点的疾病关联以及感染过程中宿主和病毒的转录组。

m6A-Atlas:m6A甲基化综合型生信数据库插图

m6A-Atlas的特点如下:(1)收集了从7种碱基分辨率技术中鉴定的442162个高置信度m6A位点,并从1363个高通量测序样本中估算出定量(而非二元)的表转录组谱。(2)收录人、小鼠、黑猩猩等7种脊椎动物m6A位点情况,以及HIV、KSHV、DENV等10种病毒的m6A图谱情况。(3)由表观转录组数据预测各个m6A位点的生物学功能,以及由疾病相关的基因突变推断m6A位点的潜在发病机理。(4)对m6A位点进行转录后机制注释(RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点),同时提供多种RNA修饰的图谱数据。

m6A-Atlas

http://180.208.58.66/m6A-Atlas/

m6A-Atlas:m6A甲基化综合型生信数据库插图1

以下,从5个方面介绍m6A-Atlas的使用功能。

01

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search

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m6A-Atlas:m6A甲基化综合型生信数据库插图4

这是数据库主页搜索功能。先在左侧选择对应的物种,系统自动选的是人类,然后输入自己所查询的关键词,这里我们以基因SOX4为例,搜索结果如下:

基因SOX4有52个m6A修饰位点,每个位点的注释信息包括了基因组位置,基因位置,来源文章ID,检测技术,细胞系/组织,是否有对应SNP编号,是否处于RNA结合蛋白结合区,是否处于剪切区域,是否属于GWAS位点,是否存储于突变数据库等,还有GO预测。

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点击某个m6A位点(图中蓝色字体)查看细节,可以看到如下信息:

A–基因基本信息:修饰位点的基本信息,比如染色体位置,基因位置等。

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B–N6-甲基腺苷(m6A)甲基化修饰水平:这里是把52个项目的所有样本数据都整合在了一起,可以在下拉框中选择样本类型和处理条件。

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C–基因表达水平:m 6 A-Atlas还为用户提供了一个交互图,以显示m 6 A位点在各种条件下所处的差异表达基因水平。第一种选择是选择正常细胞系上的基因表达水平。第二种选择是显示病毒感染后的基因表达水平。用户可以选择多种功能来查询您感兴趣的各种细胞系,技术或病毒。

 

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D–动物保守性:m 6 A-Atlas还提供了人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,猪,猴和黑猩猩之间的保守性分析,以鉴定两个脊椎动物物种之间的m6A保守位点。

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E–位点附近的其他RNA修饰情况和转录后调控信息。

 

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F–位点注释信息(RBP信息,转录因子结合信息,染色质可接近信息等)

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human_m6A_141368的 RNA结合区
 
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human_m6A_141368的转录因子结合位点

在右上方可以搜索关键词,拉动滚动条可以看到更多详细的信息:

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查看JBrowser:

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回到搜索结果页面,下拉可见搜索位点的统计情况(技术类型占比和样本类型占比):

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Eukaryote

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真核生物不同RNA修饰,不同技术平台获得的修饰位点总览。

上面筛选条目我们可以选择不同的修饰物,如m6A、m6Am、m1A、m7G、m5C;选择不同的组织、细胞系,并且种类也可以选择,也可以选择特定技术如DART-seq。

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在下方点击不同的RNA修饰物,对应的数据点也会随之变化。

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Virus

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不同样本的病毒m6A修饰位点总览,点击不同的viral会更新数目。

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Tool

m6A-Atlas:m6A甲基化综合型生信数据库插图3

这里有两个功能:

A–上传数据的m6A修饰位点保守性分析

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B–基于数据库现有数据进行差异修饰m6A区域分析(自己选择物种,对照组样本和处理组样本)

 

m6A-Atlas:m6A甲基化综合型生信数据库插图19

在Download,部分原始数据可以用于下载。m6A数据还提供了其他六种RNA修饰位点,这些资源一起为研究m6A复制组的复杂性提供了新的可能性。与现有的转录组数据库相比,m 6 A-Atlas具有可靠的m 6高可信度集合,一个位点和特定于条件的定量(而不是二进制)表观转录组谱。在七个脊椎动物(包括人类,小鼠和黑猩猩)中保留了m6A位点,10种病毒(包括HIV,KSHV和DENV)的病毒表观转录组,假单胞菌的假定生物学功能。

整体而言,这可能是目前最普遍的综合和全面的关于m6A的数据库,有大量高放置信度的m6A位点信息,并标注了与转录和转录后机制(TF结合,RBP结合),试问谁不爱呢?好啦,最新的m6A-Atlas 数据库今天就给大家介绍这么多啦,下期再会。

References:

Yujiao Tang, Kunqi Chen, Bowen Song, Jiongming Ma, Xiangyu Wu, Qingru Xu, Zhen Wei, Jionglong Su, Gang Liu, Rong Rong, Zhiliang Lu, João Pedro de Magalhães, Daniel J Rigden, Jia Meng, m6A-Atlas: a comprehensive knowledgebase for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome, Nucleic Acids Research, , gkaa692, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa692

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