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​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库

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导语

Lnc2Cancer是一个手动管理的数据库,作者在PUBMED提供了lncRNA和人类癌症之间全面的实验支持的关联。中超过6500篇文献中手动收集了LncRNA与癌症之间的关联,完善了lncRNA-癌症关联并进行了注释,可提供lncRNA或circRNA与人类癌症之间全面的实验支持关联进行评分以及能够浏览癌症中LncRNA谱的高通量实验。Lnc2Cancer的当前版本通过审查1,5000多个已发表的论文,记录了10,303个条目,这些条目涉及2,659个人类lncRNA,743个circRNA和216个人类癌症亚型之间的关联。

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图

近年来肿瘤相关lncRNA和circRNA的发展趋势

除此之外,Lnc2Cancer还提供实验支持的调节机制(microRNA,转录因子,变体,甲基化和增强剂),生物学功能(细胞生长,凋亡,自噬,上皮间质转化,免疫和编码能力)和临床应用(转移,复发,循环,lncRNA和circRNA在人类癌症中具有耐药性和预后性)。尤其是开发了一种包括RNA和单细胞测序表达数据的交互式分析平台,以帮助用户使用标准的处理流程探索癌症中的lncRNA。该数据由国人哈尔滨医科大学李霞教授组开发,相关文章发表在国际知名期刊Nucleic Acids Research上面,今年已经升级到3.0版本了,无论是可视化还是功能使用都已经更加成熟友好了,是不是很棒棒!一起来看看吧。

Lnc2Cancer

http : //www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图1

Lnc2Cancer主页

1.

Browser

我们可以通过右侧Cancer、lncRNA、circRNA可以直接选择浏览想要了解的子分类所有实验支持的关联查看,也可以通过点击中间的徽标(不同调节机制、不同生物学功能、不同临床应用),以查看不同的调节机制浏览相应的lncRNA和cicRNA。下面以点击右侧分栏癌症中的肾上腺皮质癌adrenocortical carcinoma为例:

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图2
​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图3

Search Result可以看到9个adrenocortical carcinoma条目,在最上方有三种格式CSV、Excel、Copy格式进行下载。表格里有不同LLnc/CircRNA 对应的Cancer name、Methods、Expression pattern、Mechanism、Function、Clinical、Pubmed ID(可以跳转到pubmed上的文章出处)、Details(可以看到对应癌症的基本信息、分类信息如TF甲基化和癌症和收录信息)、Box Plot、Stage Plot、Survival、Similar、Network。

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图4

Details

2.

Search

这里有两种搜索模式,一种是一般搜索,模糊关键词搜索,直接输入记音符号或者癌症代码代码即可,另一种是高级搜索,除了需要输入ID和癌种外,可以选择Dysregulation Pattern、样本数、RNA Type,还可以在选定Advanced Search,Regulatory Mechanism、Biological Function、Clinical Application区域。

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图5

其中失调模式包括上调,下调和差异表达可以过滤结果,样本类型(包括组织,细胞系和血液)可以过滤结果,用户可以选择只显示lncRNA和circRNA,或全部显示,调节机制,生物学功能和临床应用的不同选择可以过滤结果。

3.

Single Cell Web Tools

单细胞网络工具基于49个单细胞数据集提供了lncRNA的关键交互式和可自定义功能,包括常规信息,聚类,热图和差异表达分析。基于单细胞测序的与20种人类癌症相关的49个lncRNA表达数据集可从GEO和公开的文献中获得。这里有Cluster、Heatmap Plotting、Differential Expression Analysis (DEA)三种功能可供使用,还提供了单细胞数据集信息展示,可以搜索,单击任一表头可以改变排序顺序。

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图6

在Cluster功能,用户可以对单元格数据执行聚类分析,在右方可以下拉选择样品数据,呈现结果如下:

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图7

Heatmap Plotting功能提供了不同簇之间差异表达的lncRNA的热图:

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图8

差异表达分析(DEA),该功能允许用户获得lncRNA的差异表达信息和箱形图。该功能由R软件包Seurat 3.1.5版中的VlnPlot使用默认参数执行。

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图9

4.

 RNA-seq Web Tools

RNA-seq网络工具包含用于挖掘与癌症相关的lncRNA的复杂功能,包括一般信息,差异表达分析,箱型图,阶段图,生存分析,相似的lncRNA识别,相关分析,网络构建和TF基序预测。当前的RNA-seq网络工具中的数据集是从TCGA获得的,其中包含15878个lncRNA,33种癌症类型,9664个肿瘤和711个正常对照样品。

General Information:此功能提供一般信息,包括lncRNA名称,Ensembl ID,别名,基因类型,位点,功能机制,生物学过程。以及显示感兴趣的lncRNA中实验报告条目的数量,包括所有,机制,功能,临床。还有基于人体图谱的感兴趣的lncRNA统计数据的全局视图和基于癌症类型的感兴趣的lncRNA统计图,如下:

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图10

Differential Expression Analysis (DEA)差异表达分析(DEA)功能允许用户获得特定癌症中lncRNA的差异表达分析和热图。此功能允许用户对特定类型的癌症应用自定义统计方法和阈值。Box Plotting箱形图,用于比较癌症和正常样品之间特定lncRNA的表达。此功能允许用户为癌症和正常人群的箱形图应用自定义颜色。这里不做过多介绍。

Stage Plotting功能可根据患者病理分期生成特定lncRNA的表达小提琴图。该功能允许用户选择主要和详细的癌症分期。

Survival Analysis此功能基于特定的lncRNA表达执行整体生存(OS)或无病生存(DFS,也称为无复发生存和RFS)分析。此功能允许用户应用lncRNA的自定义OS,DFS,中位数和分位数表达值。

Similar lncRNAs Identification此功能为输入的lncRNA和选定的数据集标识具有相似表达模式的lncRNA列表。

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图11

Correlation Analysis功能为癌症中两个感兴趣的lncRNA提供了lncRNA表达相关性分析。该功能允许用户应用自定义的相关分析方法,包括Pearson,Spearman和Kendall。

Network Construction此功能提供了相互作用的miRNA-lncRNA和mRNA-lncRNA共表达网络,如下:

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图12

TF Motif Prediction此功能可预测特定lncRNA的TF基序,并提供TF基序序列LOGO图形。

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图13

单击上图“眼睛”按钮,TF主题功能将生成所选TF主题的TF主题序列LOGO图形。

5.

 Statistic

这一模块展示 Lnc2Cancer的数据库内容各种统计更新情况,如下:

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图14
​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图15
​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图16

6.

 Download

如果你想下载这个数据库的数据自己回去倒腾也是可以,可供提供的下载如列表:

​ Lnc2Cancer:肿瘤相关lncRNA数据库插图17

好啦,这个数据库就介绍到这里啦,总的来说Lnc2Cancer v2.0主要是告诉用户lncRNA的研究进展:以往的lncRNA的研究情况,如何研究,相关结论,还是挺好用的,希望大家通过这篇推文有所收获。

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