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circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库

生信数据库 管理员 149℃ 0评论

导语

近年来,越来越多的科学研究集中在circRNA领域。circRNADisease是基于已有实验验证的circRNA和疾病关联的在线数据库,系统地核实了800多个已发表的文献,并收集整理了330种circRNA和48种疾病。circRNADisease中的每个条目均包含有关circRNA-疾病关联的详细信息,包括circRNA和疾病名称,circRNA表达模式,以及关于circRNA的简要功能说明和其他注释信息,物种主要是人。

circRNADisease

http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图

circRNADisease主页的字云

主页可以看到circRNADisease的主要功能围绕有Browse、Search、Download、submit。在主页的右下有动态的字云变化,点击其中的单词会进入快速查找模式。以ITCH为例,点击后会呈现Result:

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图1

内容包括circRNA-ITCH对应的不同疾病、host gene、method、expression pattern,还有pubmed文章号以及detail。

01 Browse


Browse界面分为左侧和右侧,左侧可以看到CircRNAs和Disease两种分类方式,点开之后可以看到具体的条目,如下:

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图2

点击具体条目后和主页快速浏览看到的内容一样。

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图3

该数据库中的记录都是从文献中整理得到的,如果环状RNA来自circBase数据库,会给出对应的超链接,否则只会给出文献中的命名。和同类型的数据库一样,都会给出疾病的名称,检测的方式,环状RNA在患病者中的表达趋势,相关文献的pubmed id等信息。

02 Search

circRNA Disease数据库可以通过circRNA、host gene、disease这三种方式检索。 具体的circRNA记录包括circRNA基础信息项,相关疾病信息,PubMed链接。circRNA的ID号也做了circBase的链接,可以直接前往circBase数据库。

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图4

以进入Search by circRNA,搜索circFoxo3为例。搜索后似曾相识的画面又一次出现了,没错,这和首页的快速搜索、浏览所看到的内容相似。这里包括circRNA信息:circRNA,circRNA表达检测方法,circRNA表达模式,关联体,宿主基因。疾病信息:疾病,物种,组织和/或细胞系和/或PDX,简要描述circRNA-疾病的关系。其他信息:文章标题,期刊,出版时间,PubMed ID。

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图5

点击pubmed,链接到原始文献:

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图6

点击more后展现circRNA,分为circRNA basic information、Disease basic information和Other information:

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图7

03 Download

目前,circRNA Disease包含354条实验支持的circRNA与疾病之间的关联,涉及330个circRNA和48个疾病,其中癌症(54%,26/48)和心脑血管疾病(27%,13/48),excel或txt版本都有。该数据库应成为了解疾病中circRNA分子机制和促进该研究领域发展的宝贵资源。

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图8

04 Submit

我们可以选择“提交”菜单在数据库中提交数据。我们还将鼓励科学家提交实验支持的circRNA-disease关联。

circRNADisease:疾病相关circRNA生信数据库插图9

这个数据库是2018年发表的,主要通过文献检索circRNA和disease的所有相关研究结果而搭建构成的,收集日期截止于2017年11月份,所以和现在的研究有一些”时差“。整体上,数据库使用和检索界面非常简洁方便,操作起来还是很简单的!

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