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exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库

外泌体数据库 管理员 175℃ 0评论

导语

exoRBase是从人类血液外泌体的RNA-seq数据分析得出的环状RNA(circRNA),长非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)的存储库。exoRBase基于归一化的RNA-seq数据(涵盖正常人和患有不同疾病的患者)基于RNA表达谱进行整合和可视化,涵盖了健康对照者32例,冠状动脉心脏疾病(CHD)6例,结肠癌(CRC)12例,肝细胞癌(HCC)21例,胰腺腺癌(PAAD)14例,乳腺癌2例。

exoRBase该数据库目前共收录92例血液样本,58330个circRNA、15501个LncRNA和18333个mRNA,并提供了注释、表达水平和可能的来源组织。作者还依据GTEx  project获得组织特异性RNA表达特征,分析了相关RNA分子的组织来源。exoRBase旨在收集和表征人血外泌体中的所有长RNA种类来提供注释,表达水平和可能的原始组织,识别血液外泌体中的分子标记,并将触发新的循环生物标志物发现以及对人类疾病的功能预测。该数据库由复旦大学医学院上海肿瘤研究所黄胜林教授课题组组建。

exoRBase

http://www.exorbase.org/

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图

exoRBase主页

01  快速搜索AND高级搜索

数据库提供了多种检索途径,除了首页的快速检索外,还可以可分别检索circRNA和线性的lncRNA或mRNA,还可以通过标本类型,基因类型,组织表达特异性信息等检索选项进行有针对性的检索。

在首页快速搜索

首页快速搜索可以展现基因的信息,包括基因类型,相关circRNA,表达丰度,组织特异性,样本类型等。还会根据疾病组织表达情况绘制折线图,热图或者箱型图,折线图有一定交互功能。点击基因名超链接将引导用户进入一个包含有关相应基因的详细信息的页面,并显示每个样本组的表达水平。此外,所有这些绘图都可以保存到本地磁盘中。以在首页左下角框内输入ATRAID基因搜索为例,展现内容如下:

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图1

这里会展示其在92个样本中的表达情况,上图是折线图。其中“NP”代表正常人,“CHD”代表冠心病,““CRC”代表结直肠癌,“HCC”代表肝细胞癌,“PAAD”代表胰腺腺癌,“ BC”代表乳腺癌, “WhB”代表全血。

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图2

热图

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图3

点击ATRAID得到此基因的详细信息:

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图4

通过点击ATRAID基因的图片图标,得到箱式图:

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图5

可以直观地反应ATRAID基因在样本中的表达情况。

Search 模块

Search 模块是专门用于搜索的模块:exoRBase这一模块分为lnRNA and mRNA、circRNA、Chromosome region三个子模块搜索,如下图所示:

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图6

当我们按基因名搜索时,可在搜索框中输入一个或多个gene symbol。环状RNA是一种新兴的RNA类型,所以很多环状RNA都没有统一的名称。因此,网站将外泌体染色体环状RNA命名为exo-circ-XXX。我们可以通过基因组位置或新的circRNA名称搜索circRNA。

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图7

此外在检索时,如果不知道确切的名字,我们可以通过染色体位置进行检索。本次我们以Chromosome region中,Start Location:1456789–End Location:1799799为例,呈现折线图、丰度图如下,不同颜色环状DNA,呈现的是多个基因共同展示和比较:

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图8
exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图9

02 Browse

在Browse菜单,我们通过选择不同的DNA组)( 选择circRNA或lncRNA and mRNA),  “Sample types”选项允许用户浏览在单个或多个样本类型中检测到的RNA。“Detection frequency”表示在所有样本中检测到RNA的频率。频率值从0到1。0的值表示在任何样本中都没有检测到所选的RNA, 1表示在所有样本中都检测到了RNA;“Expression rank”表示同一类型RNA(circRNA、lncRNA或mRNA)的表达等级。RNA按其表达水平分为10个等级。例如,“0-10%”表示的表达水平在前十分位。“Validation”表示选择的RNA是否在已发表文章中验证。

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图10

对于lncRNA和mRNA,提供了选择“Tissue specificity”选项,可以选择RNA是否在某个组织中特异表达。它们是在一个组织中明确表达的。在血液中检测到的一些RNA可能来自特定的组织。这个选项可以帮助用户选择某些特定组织产生的血液外泌体RNA。这些特殊的RNA可能对某些疾病的临床诊断有意义。

03 Download

exoRBase提供的下载表达谱十分丰富,方便我们进行定制分析。circRNA 、incRNA、mRNA的表达谱均可下载,有正常人、CHD、CRC、HCC、PAAD等数据,也可以下载circRNA 、incRNA、mRNA注释文件,以及实验性验证文件。

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图11

04 Submission

exoRBase也接收外界提交的外泌体信息,但有一定的门槛,他们仅考虑源自人血液外泌体的长RNA种类,包括circRNA,lncRNA和mRNA。提取的血液外泌体应满足ISEV(国际细胞外囊泡协会)提出的最低要求。

exoRBase:人类血液外泌体RNA生信数据库插图12

exoRBase数据库为外泌体研究提供了非常有价值的信息平台,是非常好的外泌体研究工具,有需要的记得收藏本文哦,今天就介绍到这~

往期精彩回顾:

最强攻略:史上最全单细胞数据库汇总解读

最强攻略2: 史上最全非编码RNA数据库汇总解读

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