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ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库

外泌体数据库 管理员 177℃ 0评论

导语

外泌体(exosomes)是一类由细胞分泌的胞外囊泡结构,其内部包含有DNA,蛋白,脂类,RNA等信息。外泌体最早见于1981年, 科学家在体外培养的绵羊红细胞上清液中发现了有膜结构的小囊泡,并命名为 exosome,是一种细胞外囊泡,在疾病标志物、生理病理功能、天然药物载体等方面都被发现扮演着很重要的角色。

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图

外泌体生源机制

大多数细胞类型分泌的膜微囊泡(40-100 nm),可以通过多种方法进行分离,鉴别囊泡标记蛋白。比如通过某些外泌体标记蛋白(包括Alix,CD9和CD63)来确定其制剂中是否存在外泌体。外泌体中组织/细胞类型特异性蛋白的存在使研究人员可以使用免疫亲和捕获方法分离它们。在这里,我们介绍ExoCarta,这是一种针对外泌体中鉴定出的蛋白质和RNA分子的简称,也是同类产品中的佼佼者。

ExoCarta

http://www.exocarta.org/

 

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图1

ExoCarta主页

ExoCarta是首个外泌体标志物综合数据库,由小恩家首席科学家Simpson教授团队建立,是一个开放的数据库平台,收录了包括人、大鼠、小鼠、绵羊、豚鼠、果蝇、马、穴兔、牛在内的几个物种共286个研究结果。除此之外,ExoCarta的一个典型特点就是具有外泌体蛋白动态的蛋白与蛋白之间相互关系网以生物学通路。用户可以从大量的研究中下载最常用的蛋白数据。下载的文件可用于进一步直接导入到FunRich工具(http://www.funrich.org),以便进行其他的功能富集和相互关系网分析。

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图2

ExoCarta数据库构成情况

通常来说,ExoCarta数据库查询常用方式有两种,分别是:QUERY直接搜寻、BROWSE 浏览翻阅。我们先从QUERY开始吧

01 QUERY

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图3

在QUERY模块,可以通过输入基因符号、蛋白质名称、miRNA名称进行搜索,本次以 PDCD6IP为例,点击submit提交会出现查询结果,Clear是清空刚刚输入的内容。

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图4

该基因有三个基因结果,分别是Rattus norvegicus、Mus musculus、Homo sapiens三个不同物种的基因情况。点击programmed cell death 6 interacting protein和Pdcd6ip跳转的页面一致,都是关于Gene info、Experiment details 、Pathways、 Protein-protein interactions的介绍。

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图5

Gene info

下面是展示在外泌体中鉴定 PDCD6IP的研究的实验描述:

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图6

Experiment details

02 BROWSE

我们可以通过Organism、Content Type、Sample Material、Gene Symbol分类进入查阅基因。

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图7

点击后会展现可供选择浏览的基因:

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图8

点击基因后展开的内容和QUERY模块无太多差异,这里不做过多介绍啦。

03 DOWNLOAD

这一模块ExoCarta提供蛋白质、MiRNA、脂质数据、外泌体研究细节…任君下载。

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图9

最后,网站还支持我们自己提交数据,不过,需要下载对应的表格再提交,而且邮箱提交的。

ExoCarta:外泌体相关标志物生信数据库插图10

最后啰嗦一下,如果使用了该数据库,记得引用以下内容哦:

Keerthikumar, S., Chisanga, D., Ariyaratne, D., Al Saffar, H., Anand, S., Zhao, K., Samuel, M., Pathan, M., Jois, M., Chilamkurti, N., Gangoda, L. and Mathivanan, S. ExoCarta: A web-based compendium of exosomal cargo. Journal of Molecular Biology. 2015. PubMed
Mathivanan, S. Fahner, C.J., Reid, G.E., and Simpson, R.J. ExoCarta 2012: database of exosomal proteins, RNA and lipids. Nucleic Acids Research. 2012. PubMed
Mathivanan, S. and Simpson, R.J. ExoCarta: A compendium of exosomal proteins and RNA. Proteomics. 2009. 21, 4997-5000. Abstract

往期精彩回顾:

最强攻略:史上最全单细胞数据库汇总解读

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