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EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库

外泌体数据库 管理员 162℃ 0评论

导语

细胞外囊泡(EVs)具有重要的(病理)生理作用,因此在过去的十年中它们一直是研究的重点。从不同细胞类型(甚至从单个细胞类型)释放的细胞外囊泡在大小,蛋白质,核酸和脂质含量方面均不相同。EV种群的分离通常由于存在其他具有可比特征的细胞外大分子结构而变得复杂。不同的分离方法可丰富具有不同组成和可变纯度的单个或多个EV亚型,从而确定依赖于方法的细胞外含量和功能。每种检测和表征方法在测量细胞外囊泡时都有其自身的准确性和精确性,此时,我们需要EV-TRACK帮助来进行实验数据的筛查。

EV-TRACK是以Thery为首的EV-TRACK联盟建立的EVs研究透明报告在线数据库,其中包含了EVs相关文献的方法学参数,基于MISEV(EVs研究最小实验要求)评估EVs分离及鉴定相关参数。该数据库的建立旨在规范EVs研究,便于将实验规范应用于实际研究中,对实验结果进行解释,目前的数据包括了1502个出版物和2660个实验,且每年都在不停的更新中。

EV-TRACK

http://www.evtrack.org

EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库插图

EV-TRACK 主页

使用EV-TRACK也比较简单,进入SEARCH模块输入EV-TRACK相关信息即可。可以精确搜索也可以模糊搜索,筛选内容包括EV-TRACK ID、Pubmed ID 、Auther、EV-TRACK数量以及试验参数:

EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库插图1

其中实验参数分为:

含EV的蛋白质:分析三种或更多种富含在细胞外的蛋白质。

不含EV的蛋白质:评估至少一种不含细胞外的蛋白质。

抗体细节:抗体克隆/参考编号和稀释度。根据特定研究中已实施的表征方法,可以将抗体特异性视为“不适用”。

裂解液制备:提供的裂解液组成,或商业裂解液的参考编号。根据特定研究中实施的表征方法,可以将裂解液制备视为“不适用”。

定性和定量分析:实施定性(例如:EM,AFM)和定量方法(例如:NTA,DLS,TRPS,高分辨率流式细胞仪)。对于定量方法,期望报告颗粒浓度。

电子显微镜图像:包含大视野和近距离电子显微镜图像。

密度梯度:执行密度梯度,至少作为验证,如果所述结果归因于细胞外。

EV密度:报告获得的细胞外密度。

超速离心细节:超速离心步骤的重力,持续时间和转子类型的报告。根据特定研究中实施的分离方法,可以将超速离心的细节视为“不适用”。

EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库插图2

EV-TRACK知识库中每个研究的EV-METRIC通过将报告参数的比例表示为(向上舍入)百分比来计算。引入它是为了通过报告细胞外分离和特征来提高对常见问题的认识。EV-METRIC高意味着已发表的数据注释充分,但不应将其视为直接与任何特定研究质量直接相关的“分数”。

这里我们选择条件:electron microscopy images reported AND >= 11 (EV-METRIC),展现结果如下:

EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库插图3

一共有374个结果,结果清单内容展示了EV-TRACK ID、实验编号、种类、样品类型、分离方案、第一作者、出版年、细胞外计量。此外,还可以查看最常用的分离方案、富含EV的顶级蛋白质。点击detail会出现的该列表的单独展示:

EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库插图4

点击右上角 DOWNLOAD CURRENTSEARCH SEARCH,可以下载txt版本的搜索结果,点击NEW SEARCH 会返回搜索。

EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库插图5

打开后的下载结果

网站还列出了Consortium members,全球分布及部分名单如下:

EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库插图6

想不到吧,在REVIEWERS & EDITORS模块还可以搜索没发表的研究数据,方法如下:

EV-TRACK: 外泌体分离及鉴定生信数据库插图7

最后,我们也可以在MYEV-TRACK上注册自己的账号,上传实验参数。EV-TRACK的独特功能是可以添加已经发布的EV实验的未发布实验参数。EV-TRACK建库的目的就是提高透明度和增加EV实验解释的工具,毕竟报告透明度的提高将有利于细胞外相关研究的整体可重复性。以上就是对EV-TRACK网站使用的简用版介绍,希望能够帮助到在生信努力钻研的你~

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