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EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库

外泌体数据库 管理员 167℃ 0评论

导语

细胞外囊泡(extracellular vesicles,EVs)是由国际细胞外囊泡学会(International Society for Extracellular Vesicles,ISEV)定义的专业术语,是指细胞主动分泌的具有磷脂双分子层结构的、纳米到微米级大小的膜囊泡的统称。根据粒径范围、生物特性和形成过程的不同,EVs主要分为外泌体、微囊泡(microvesicles,MV)和凋亡小体三大类。微囊泡也是细胞间通讯载体和潜在的疾病生物标志物,其内含物为各种疾病提供了潜在标志物,是液体活检的热门方向之一,今天介绍的是微囊泡数据库–EVmiRNA。

EVmiRNA,顾名思义,一种细胞外囊泡(EVs)的miRNA数据库。EVmiRNA(细胞外小泡miRNA表达数据库)是一个全面的数据库,包括miRNA表达谱,miRNA相关药物,miRNA调控途径,miRNA功能以及相关出版物。收录了17种器官或疾病462个EVs小RNA测序样本miRNA表达谱。EVmiRNA提供了三个功能模块:(1)不同来源(如血液、母乳等)的miRNA表达谱和样本信息;(2)在不同EVS中特异表达的miRNA,有助于生物标志物的识别;(3)miRNA注释,包括miRNA在EVS和TCGA中的表达,miRNA途径的调控,以及miRNA的功能和出版物。该数据库由华中科技大学的郭安源教授团队创立。

EVmiRNA

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图

EVmiRNA主页

下面从4个方面介绍EVmiRNA使用方法:

01 Samples

细胞外囊泡的来源概况

单击外泌体的来源,用户可以浏览样品的癌症类型,热图,表达的miRNA,SRA样品信息。

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图1

比如,我们查看Exosomes模块的Blood,得到下图,包含Blood EV表达量下载,样本总体概况,高表达miRNA表达热图,以及reference和EV提取方法等。

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图2
EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图3

如果单击miRNA ID链接,用户可以浏览全面的miRNA信息,包含miRNA基本信息,miRNA表达谱,miRNA相关药物,miRNA调控途径,miRNA功能以及相关出版物。

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图4

查看Microvesicles内容模块的的Blood

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图5

呈现内容如下:

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图6

往下拉还有Expressed miRNA list of Microvesicles和SRA samples information :

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图7

02 miRNA

细胞外囊泡表达的miRNA浏览

这一模块进行,你可以浏览某个miRNA在不同细胞外囊泡中的情况,页面列出了所有外囊泡中表达的miRNA和对应基本信息,如果想概览某个miRNA在各种囊泡中表达,可点击对应的Detail。然后点击感兴趣的miRNA id会进入该miRNA的详细信息页面。

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图8

用户可以浏览对应miRNA的基本信息,表达谱,靶基因,调控pathway,功能和对应文献等。

03 Specific miRNA 

细胞外囊泡特异表达的miRNA浏览

我们单击左侧菜单上的外泌体类型,可以以浏览对应的表达miRNA啦!

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图9

以点击BRCA-Cancer为例,右边呈现乳腺癌外泌体的特异性miRNA,下面表格是乳腺腺癌外泌体对应的样本参考文献。

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图10

点击SRA TD 跳转到NCBI SRA库内详细ID信息:

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图11

04 Search

搜索特定miRNA

我们可以通过模糊匹配或miRNA表达水平和样本来源的miRNA ID进行搜索。搜索结果点击miRNA可得到miRNA基本信息,miRNA表达谱,miRNA相关药物,miRNA调控途径,miRNA功能以及相关出版物。

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图12

以搜索miR-99b-5p为例,呈现搜索结果如下:

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图13
EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图14
EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图15

05 Document  

数据下载

用户可在Document 页面查看数据概况及下载数据,可供下载内容如下:

EVmiRNA:外泌体miRNA生信数据库插图16

综合来说,EVmiRNA提供了EVS的综合miRNA信息,包括miRNA在各种源类型中的平均表达,每个样品中miRNA的表达丰度,每种EV类型的miRNA的顶部表达和特异表达的miRNA,miRNA调控的途径,以及miRNA的功能和出版物。相关论文还介绍了实验分离方法和文献,有兴趣的可以自行查阅噢。

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