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EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库

生信数据库 管理员 178℃ 0评论

导语

EMBL(European Molecular Biology Laboratory)是指欧洲分子生物学实验室,总部位于德国海德堡,1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立,现在由欧洲30个成员国政府支持组成,目的在于促进欧洲国家之间的合作来发展分子生物学的基础研究和改进仪器设备、教育工作等。

EBI(European Bioinformatics Institute)是指欧洲生物信息学研究所,是非盈利性学术组织EMBL的一部分,1982年建立了先进的核苷酸序列数据库(EMBL-DNA),可进行核苷酸序列检索及序列相似性查询。综合起来的EMBL-EBI数据库功能是一款针对人类蛋白GO功能分析的综合注释数据库。Gene Ontology分为分子功能,生物过程和细胞组成三个部分。蛋白质或者基因可以通过ID对应或者序列注释的方法找到与之对应的GO号,而GO号可对应到Term,即功能类别或者细胞定位。

QuickGO数据库和实验室研究人员及外泌体数据库Exocarta 和Vesiclepedia是有紧密合作的,其中也有识别用于注释的靶蛋白以及外泌体实验方法学的注释。而且外来基因本体论注释倡议就是由EBI的UniProt策划人发起,通过阅读文献并为这些蛋白指定描述其生物学作用的术语,将GO注释分配给人类外泌体蛋白。

好了,西西背景说完了,进入正题吧:

EMBL-EBI

https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图
QuickGO主页

使用QuickGO还是相对简单的,直接搜索就可以了。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图1

在主页搜索框可以搜索GO(按名称或ID)、ECO(按名称或ID)和基因名称,实际上可以使用多种不同的标识符类型来查询QuickGO(包括:DictyBase,UniGene,UniProtKB,FlyBase,Gramene和NCBI Entrez基因标识符)。检索时支持自动联想,可以根据输入数据自动匹配相关的GO和基因产物信息。我们这里主要介绍EMBL-EBI提供的内容,所以把精确搜索GO:0006915为例,结果提供如下:

01

Overview

结果的左侧是展示内容的目录区,右边是目录相对应的内容,Overview展示的是蛋白质0006915的凋亡功能(会给出文章出处的PMID号,点击Definition会跳到到维基百科的解释)和GO次要编号以及132211条注释。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图2

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Synonyms

这里是同义词,是含义与术语名称紧密相关的替代词或短语,并通过同义词作用域指示名称和同义词之间的关系,并给出相应类型分类。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图3

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Ancestor Chart

祖先图,展示该Go Term到根节点的结构,点击右上角Chart options可以调整图的配色和大小,图如下:

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图4

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Child Terms

Child Terms模块会列出基因的所有直系后代(子项),可以看到有的是凋亡执行阶段,有的是凋亡信号通路等等,与对于GO的关系有的是“part_of”有的是“is_a”。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图5

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Annotation Guidance

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图6

EMBL-EBI会给出相应指南来进行细胞注释,比如这里是给指南注释细胞死亡和凋亡。注释长这样:

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图7

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Taxon Constraints

Taxon Constraints模块给出的是术语的使用符合以下分类约束list, 内容包括Ancestor GO ID、Ancestor GO Term Name、Relationship、Taxon ID、Taxon如下:

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图8

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 Annotation Blacklist

EMBL-EBI会更正从UniProt-GOA项目GO注释(IEA)中的错误注释:

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图9

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Cross-references

Cross-references会给出交叉引用的数库、ID和基因描述。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图10

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Replaces

由于科技进步,有些概念的命名也会更新,这里会给出可代替的新术语,如0004200就可以被GO:0006915代替。QuickGO每天都会更新GO术语,每周更新一次GO注释。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图11

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Co-occurring Terms

EMBL-EBI显示了表中列出的术语被共同注释的次数,这个注释集里最多的一个GO是被注释了86093次。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图12

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Change Log

这里有点像历史进程的小记事本,给出了变化的术语、定义(同义词)、交叉引用等内容的变更记录,也可以充分证明,这个网站还是在不停更新维护中。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图13

另外,主页也有GO annotations浏览的功能:,可以根据不同的分类(Taxon、Gene Products、GO terms、References、Aspect、Evidence、Extension、More)进行筛选排序,一次最多可以从QuickGO导出多达2,000,000个GO批注。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图14

最后,如果你有兴趣的话,也可以注释所感兴趣的GO术语。

EMBL-EBI QuickGO:蛋白功能分析生信数据库插图15

 

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