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Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库

外泌体数据库 管理员 150℃ 0评论
导语:Vesiclepedia是一个EVs分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检索数据库,目前包含来自于过去一些年份文献中发表的341个独立研究的35264个蛋白,18718个mRNA,1772个miRNA、342个脂质条目,Apoptotic blebs凋亡小泡、Exosomes 外泌体、Microparticles 微粒体 、Microvesicles 微囊泡都囊括在内。还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索,这些条目来自过去几年发表的341项独立研究。
Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图

细胞外囊泡的信号传导

Vesiclepedia数据库数据最新更新时间为2018年8月15日。开发者们在本数据库中发起了一个让广大胞外囊泡研究者们积极参与很长时间(>10年)的连续注释项目以及该领域的新发现。在胞外囊泡研究领域的研究者们有志于通过定期的和持续的贡献出产生的数据使这一数据库变得独一无二。

Vesiclepedia

http://www.microvesicles.org/

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图1

Vesiclepedia主页

Vesiclepedia的界面使用和之前发布的ExoCarta:外泌体相关标志物数据库数据库有点相似,感到眼熟的小伙伴不要太惊讶哦,接下来看看如何使用它吧!

01  

QUERY

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图2

这里可以精确搜索基因在细胞外囊泡的鉴定情况。如图所示,Vesiclepedia甚至可以精确到基因的始称、基因名字包含、miRNA命名的包含内容。当然不想那么精确,直接输入基因名也是可以搜索的。这里我们以肿瘤易感基因TSG101的搜索为例,搜索结果如下:

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图3

从左到右分别展示的是基因名称、基因符号、种类、蛋白质内容。在同一行内容里,无论是点击基因名称还是基因符号,都会转入GENE SUMMARY。GENE SUMMARY会展示TSG101的基因描述:

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图4

数据库交叉引用(一般是ExoCarta和Entrez Gene数据库):

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图5

点击基因的交叉引用后就会进入该数据库里搜索TSG101基因的查询结果,比如ExoCarta数据库里有基因本体注释的内容(下图),Vesiclepedia里面没有,这就是交叉验证很好的一个补充。

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图6

搜索结果还有在组织细胞外囊泡中鉴定到的TSG101,【more】内容展示的是在细胞外囊泡鉴定到的TSG101的实验描述,实际操作中不用点击more也可以看见,只要继续往后拉就可以看到了,但是在组织细胞外囊泡中鉴定到基因的list太长的情况下,用点击more的方式更快捷,高效。

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图7

在细胞外囊泡中鉴定Tsg101的研究的实验描述:

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图8

Experiment description 里面包括了实验编号、鉴定分子、细胞外囊泡类型、鉴定方法、Pubmed ID、物种、实验说明、作者、期刊名称、出版年份、样品、样品名称、分离方法、浮选密度、研究中鉴定的分子、研究中使用的方法、细胞外的跟踪情况。

BROWSE 模块提供了四种分组,分别是Organism、Vescle Type、Content Type、Sample Material(物种、囊泡类型、分子类型、样本来源),当我们不记得基因的名字,就可以根据基因所在的类型分组进入浏览我们所要查找的基因外囊分布情况。

02

BROWSE

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图9

这里可以浏览基因在细胞外囊泡的鉴定情况。接下来我们选择Organism的Acinetobacter baumannii,看看会发生什么:

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图10

可以看到4个Vesiclepedia囊泡ID给出了它们对应的PubMed ID,种类,实验的简短说明,以及样品,身份证明,隔离方式以及囊泡类型(外模囊泡、膜囊泡等),点击其中一个囊泡ID,会出现相应的蛋白或者基因实验结果,有如Gene Name、Gene Symbol、Species、Contents下。点击Vesiclepedia ID,会出现GENE SUMMARY,和上一模块QUERY呈现内容是类似的,都有基因描述、数据库交叉引用以及实验鉴定细节。

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图11

03

DOWNLOAD

温馨提示:如果我们使用这些数据,一定要记得引用哦:

 Pathan, M., Fonseka, P., Chitti, S.V., Kang, T., Sanwlani, R., Van Deun, J., Hendrix, A. and Mathivanan, S. (2019) Vesiclepedia 2019: a compendium of RNA, proteins, lipids and metabolites in extracellular vesicles. Nucleic Acids Res. D516-D519.

这是Vesiclepedia 打包好的内容,在网页直接点击右侧深蓝色字体就能下载:

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图12

04

Data Submission 

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图13

刚开始的时候,Vesiclepedia里面的数据频率较低,有些人都有些想弃了,现在网站已经吸取教训(疯狂挽回),支持外部人员提交相应的数据进行补充更新,填写流程(上图),不同的数据类型有不同的表格(mRNA和miRNA就不一样),往下拉还能看到实验的说明,要怎么写,都举出了例子,简单易懂:

Vesiclepedia:细胞外囊泡综合生信数据库插图14

Vesiclepedia还列出了EVs中经常被识别的前100种蛋白质供我们下载,此外,在主页还有基于FunRich的Vesiclepedia插件可以帮助用户进行数据分析,有需要可前行大展身手。

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